في إنجلترا عام 1640، تم تسجيل فكرة استخدام العفن كشكل من أشكال العلاج الطبي من قبل مصنعي الأدوية مثل جون باركنسون، King's Herbarian، الذي دعا إلى استخدام العفن في كتابه عن علم الأدوية.

بدأ التاريخ الحديث لأبحاث البنسلين بشكل جدي في سبعينيات القرن التاسع عشر في المملكة المتحدة. لاحظ السير جون سكوت بوردون ساندرسون، الذي بدأ عمله في مستشفى سانت ماري من عام 1852 حتى 1858 ثم عمل هناك لاحقًا كمحاضر من عام 1854 حتى 1862، أن سائل الزراعة المغطى بالعفن لن ينتج أي نمو جرثومي. دفع اكتشاف بوردون ساندرسون، جوزيف ليستر، الجراح الإنجليزي وأب التعقيم الحديث، إلى اكتشاف عام 1871 أن عينات البول الملوثة بالعفن لا تسمح أيضًا بنمو البكتيريا. وصف ليستر أيضًا التأثير المضاد للبكتيريا على الأنسجة البشرية لنوع من العفن أطلق عليه بنسيليوم جلوكوم.

في عام 1874، لاحظ الطبيب الويلزي ويليام روبرتس، الذي صاغ مصطلح "الإنزيم" لاحقًا، أن التلوث الجرثومي غائب عمومًا في الثقافات المختبرية للبنسليوم الجلوكوم (الأزرق). تابع جون تيندال عمل بوردون ساندرسون وأظهر للجمعية الملكية في عام 1875 مفعول فطر البنسلين المضاد للبكتيريا.

بحلول هذا الوقت، كان قد أُثبت أن عصيات الجمرة الخبيثة تسبب الجمرة الخبيثة، وهو أول دليل على أن بكتيريا معينة تسبب مرضًا معينًا. في عام 1877، لاحظ عالما الأحياء الفرنسيان لويس باستير وجول فرانسوا جوبير أن مزارع عصيات الجمرة الخبيثة، عندما تكون ملوثة بالعفن، يمكن تثبيتها (أو القضاء عليها) بنجاح. تقول بعض المراجع أن باستير حدد السلالة على أنها البنسلين نوتاتوم.

في بولندا في القرن السابع عشر، تم خلط الخبز الرطب بشبكات العنكبوت (التي غالبًا ما تحتوي على جراثيم فطرية) لعلاج الجروح. تم ذكر هذه التقنية بواسطة هنريك سينكيفيتش في كتابه عام 1884 "بالنار والسيف".

ابتداءً من أواخر القرن التاسع عشر، كان هناك العديد من الروايات من قبل العلماء والأطباء حول الخصائص المضادة للبكتيريا لأنواع مختلفة من العفن بما في ذلك عفن البنسلين لكنهم لم يتمكنوا من تمييز العملية التي تسببت في هذا التأثير.

في عام 1895، نشر فينسينزو تيبيريو -وهو طبيب إيطالي في جامعة نابولي- بحثًا عن عفن وُجد في البداية في بئر ماء في أرزانو. من ملاحظاته، خلص إلى أن هذه القوالب تحتوي على مواد قابلة للذوبان لها تأثير مضاد للجراثيم.

اكتشف إرنست دوتشيسن في مدرسة الخدمة العسكرية في ليون، بشكل مستقل، الخصائص العلاجية لعفن البنسيليوم جلوكوم، حتى أنه يعالج الخنازير الغينية المصابة بالتيفويد. نشر أطروحة في عام 1897 ولكن تم تجاهلها من قبل معهد باستير.

في بلجيكا في عام 1920، لاحظ أندريه جراتيا وسارة داث وجود تلوث فطري في إحدى مزارع المكورات العنقودية الذهبية التي كانت تمنع نمو البكتيريا. حددوا الفطر كنوع من البنسلين وقدموا ملاحظاتهم كورقة، لكنها لم تحظ باهتمام كبير. سجل عالم من معهد باستور، كوستاريكا كلودوميرو بيكادو توايت، تأثير المضادات الحيوية للبنسليوم في عام 1923.

ومع ذلك، يصف كتاب بول دي كريف (صيادي الميكروبات 1926) هذه الحادثة بأنها تلوث من بكتيريا أخرى وليس عن طريق العفن. في عام 1887، وجد جاري نتائج مماثلة.

اكتشف البنسلين في عام 1928 من قبل العالم الاسكتلندي الكسندر فليمنج.

في عام 1930، حاول سيسيل جورج باين، أخصائي علم الأمراض في المستوصف الملكي في شيفيلد، استخدام البنسلين لعلاج مرض تينة اللحية، الذي يسبب التهابات في بصيلات اللحية، لكنه لم ينجح.

بالانتقال إلى الرمد الوليدي، وهو عدوى بالمكورات البنية عند الرضع، حقق سيسيل جورج باين أول علاج مسجل بالبنسلين في 25 نوفمبر عام 1930. ثم عالج أربعة مرضى إضافيين (شخص بالغ وثلاثة أطفال) من التهابات العين، وفشل في علاج شخص خامس.

في عام 1940، العالم الأسترالي هوارد فلوري(لاحقًا بارون فلوري) وفريق من الباحثين (إرنست بوريس تشاين، وإدوارد أبراهام، وآرثر دنكان جاردنر، ونورمان هيتلي، ومارجريت جينينغز، جي. أور يوينغ و جي ساندرز) في كلية علم الأمراض بجامعة أكسفورد أحزوا تقدمًا في إظهار تأثير البنسلين كمبيد للجراثيم.

في عام 1940، أظهر (هوارد فلوري وفريقه) أن البنسلين فعال في علاج العدوى البكتيرية في الفئران.

بحلول أواخر عام 1940، كان فريق أكسفورد بقيادة هوارد فلوري قد ابتكر طريقة لإنتاج الدواء بكميات كبيرة، لكن الإنتاجية ظلت منخفضة.

في عام 1941، عالج (هوارد فلوري وفريقه) الشرطي ألبرت ألكساندر المصاب بإلتعاب شديد في الوجه. تحسنت حالته، ولكن نفدت إمدادات البنسلين وتوفي. بعد ذلك، تم علاج العديد من المرضى الآخرين بنجاح.

في عام 1941، سافر فلوري وهيتلي إلى الولايات المتحدة لإثارة اهتمام شركات الأدوية بإنتاج الدواء وإبلاغهم عن طريقة الإنتاج.

كان التحدي المتمثل في إنتاج هذا الدواء بكميات كبيرة أمرًا شاقًا. في 14 مارس عام 1942، تم علاج أول مريض من تعفن العقديات باستخدام البنسلين الأمريكي الصنع الذي تنتجه شركة ميرك وشركاه.

بدأ الناس في استخدام البنسلين لعلاج الالتهابات في عام 1942.

اقترح إدوارد أبراهام التركيب الكيميائي للبنسلين لأول مرة في عام 1942 وتم تأكيده لاحقًا في عام 1945 باستخدام علم البلورات بالأشعة السينية بواسطة دوروثي كروفوت هودجكين، التي كانت تعمل أيضًا في أكسفورد. حصلت لاحقًا على جائزة نوبل عن هذا القرار ولاكتشافات أخرى تتعلق بتحديد البنية.

بحلول يونيو 1942، كان البنسلين الأمريكي متاحًا فقط لعلاج عشرة مرضى.

في نوفمبر عام 1942، كان الناجون من حريق كوكونات جروف في بوسطن هم أول مرضى الحروق الذين عولجوا بنجاح بالبنسلين.

في يوليو عام 1943، وضع مجلس الإنتاج الحربي خطة للتوزيع الشامل لمخزون البنسلين على قوات الحلفاء التي تقاتل في أوروبا.

سمحت نتائج أبحاث التخمير حول خمور الذرة في مختبر الأبحاث الإقليمي الشمالي في بيوريا، إلينوي، للولايات المتحدة بإنتاج 2.3 مليون جرعة في الوقت المناسب لغزو نورماندي في ربيع عام 1944.

بعد الحرب العالمية الثانية، كانت أستراليا أول دولة تتيح العقار للاستخدام المدني. في الولايات المتحدة، تم توفير البنسلين لعامة الناس في 15 مارس عام 1945.

تقاسم فلوري وتشاين جائزة نوبل في الطب لعام 1945 مع فليمنج عن عملهما.

اقترح عالم شركة فايزر جاسبر هـ. كين استخدام طريقة تخمير بخزان عميق لإنتاج كميات كبيرة من البنسلين الصيدلاني. كانت نتيجة تطوير مصنع تخمير عميق الخزان بواسطة المهندسة الكيميائية مارغريت هاتشينسون روسو النجاح في الإنتاج على نطاق واسع. كنتيجة مباشرة للحرب ومجلس الإنتاج الحربي، بحلول يونيو عام 1945، تم إنتاج أكثر من 646 مليار وحدة سنويًا.

تم التعرف على أهمية عمله من خلال وضع معلم كيميائي تاريخي دولي في متحف مختبر ألكسندر فليمنج في لندن في 19 نوفمبر عام 1999.

أكمل الكيميائي جون سي شيهان في معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا (إم آي تي) أول تخليق كيميائي للبنسلين في عام 1957.