وُلد روح الله الموسوي الخميني، واسمه الأول يعني "روح الله"، في 24 سبتمبر 1902 في مدينة خمين، محافظة مركزي.
بعد الحرب العالمية الأولى، تم اتخاذ الترتيبات له ليدرس في المعهد الإسلامي في أصفهان، لكنه انجذب إلى المعهد الإسلامي في أراك. وقد كان تحت قيادة آية الله عبد الكريم الحائري اليزدي. في عام 1920، انتقل الخميني إلى أراك وبدأ دراسته.
كان كتابه السياسي الأول "كشف الأسرار" الذي نُشر عام 1942، بمثابة دحض نقطة بنقطة لأسرار ألف عام، وهو مقالة كتبها أحد تلاميذ المؤرخين الإيرانين البارزين المناهضين لرجال الدين.
في يناير 1963، أعلن الشاه "الثورة البيضاء"، وهي برنامج إصلاح من ست نقاط يدعو إلى إصلاح الأراضي، وتأميم الغابات، وبيع الشركات المملوكة للدولة للمصالح الخاصة، وإجراء تغييرات انتخابية لمنح المرأة حق التصويت والسماح لغير المسلمين بشغل مناصب، وتقاسم الأرباح في الصناعة، وحملة محو الأمية في مدارس الأمة. واعتبرت بعض هذه المبادرات خطيرة، لا سيما من قبل علماء الشيعة الأقوياء والمميزون (علماء الدين)، وبمثابة اتجاهات للتغريب من قبل التقليديين (اعتبرها الخميني "هجومًا على الإسلام").
في 22 يناير 1963، أصدر الخميني إعلانًا شديد اللهجة يدين الشاه وخططه. بعد يومين، أخذ الشاه طابورًا مدرعًا إلى مدينة قم، وألقى خطابًا هاجم فيه العلماء بشدة كطبقة بعينها.
بعد ظهر يوم عاشوراء (3 يونيو 1963)، ألقى الخميني خطابًا في مدرسة الفيضية رسم أوجه التشابه بين الخليفة السني "يزيد"، الذي يعتبره الشيعة "طاغية"، والشاه، مستنكرًا الشاه باعتباره " رجلاً حقيراً بائساً"، ويحذره من أنه إذا لم يغير طرقه سيأتي اليوم الذي يتقدم فيه الشعب بالشكر لمغادرته البلاد.
في 5 يونيو عام 1963 (15 من خرداد) في الساعة 3:00 صباحًا، بعد يومين من هذه الإدانة العلنية للشاه محمد رضا بهلوي، اُعتقل الخميني في مدينة قم ونُقل إلى طهران.
في 26 أكتوبر 1964، ندد الخميني بكل من الشاه والولايات المتحدة. كانت هذه المرة رداً على "الامتيازات الأجنبية" أو الحصانة الدبلوماسية التي منحها الشاه للعسكريين الأمريكيين في إيران.
أمضى الخميني أكثر من 14 عامًا في المنفى، معظمها في مدينة النجف الأشرف العراقية. في البداية، تم نفيه إلى تركيا في 4 نوفمبر 1964 حيث أقام في مدينة بورصة في منزل العقيد علي جتينر من المخابرات العسكرية التركية.
في أكتوبر 1965، بعد أقل من عام، سُمح له بالانتقال إلى مدينة النجف بالعراق، حيث مكث حتى عام 1978 عندما طرده نائب الرئيس صدام حسين آنذاك.
بحلول هذا الوقت، أصبح الاستياء من الشاه شديدًا، وزار الخميني نوفل لو شاتو، إحدى ضواحي باريس، فرنسا بتأشيرة سياحية في 6 أكتوبر عام 1978.
لم يُسمح للخميني بالعودة إلى إيران في عهد الشاه (حيث كان في المنفى). في 16 يناير 1979، غادر الشاه البلاد (ظاهريًا "في إجازة")، ولم يعد أبدًا.
بعد أسبوعين، في يوم الخميس الموافق 1 فبراير 1979، عاد الخميني منتصرًا إلى إيران، حيث استقبله حشد كبير بفرح، وقد قُدر هذا الحشد (من قبل بي بي سي) بنحو خمسة ملايين شخص.
في 11 فبراير، عيّن الخميني مهدي بازركان رئيساً مؤقتاً للوزراء، مطالباً "بما أنني عينته، يجب ان يُطاع". وحذر من أنها "حكومة الله"، وأن العصيان ضده أو ضد بازركان يعتبر "تمردًا على الله".
في 11 فبراير، مع انتشار التمرد والسيطرة على مستودعات الأسلحة، أعلن الجيش الحياد وانهار نظام بختيار.
في 30 و 31 مارس 1979، تم تمرير استفتاء لاستبدال النظام الملكي بجمهورية إسلامية بنسبة 98٪ لصالح الاستبدال، مع بقاء السؤال: "هل يجب إلغاء الملكية لصالح حكومة إسلامية؟".
في 22 أكتوبر 1979، سمحت الولايات المتحدة بدخول الشاه المنفي والمريض إلى البلاد لتلقي العلاج من السرطان. في إيران، كان هناك احتجاج فوري، حيث طالب كل من الخميني والجماعات اليسارية بعودة الشاه إلى إيران لمحاكمته وإعدامه.
في نوفمبر 1979، تم اعتماد الدستور الجديد للجمهورية الإسلامية من خلال استفتاء وطني.
في 4 نوفمبر، سيطرت مجموعة من الطلاب الجامعيين الإيرانيين، يطلقون على أنفسهم اسم "الطلاب المسلمين التابعين لخط الإمام"، على السفارة الأمريكية في طهران، واحتجزوا 52 من موظفي السفارة كرهائن لمدة 444 يومًا - وهو حدث يُعرف باسم أزمة رهائن إيران.
في 4 فبراير 1980، تم انتخاب أبو الحسن بني صدر كأول رئيس لإيران.
شن العراق غزوًا واسع النطاق ضد إيران، وهو بداية الحرب الإيرانية العراقية (سبتمبر 1980 - أغسطس 1988).
تدهورت صحة الخميني قبل عدة سنوات من وفاته. بعد أن أمضى أحد عشر يومًا في مستشفى جماران، توفي روح الله الخميني في 3 يونيو 1989 بعد إصابته بخمس نوبات قلبية في عشرة أيام فقط، عن عمر يناهز 86 عامًا قبل منتصف الليل بقليل.
انتقل آية الله حائري يزدي إلى المعهد الإسلامي في مدينة قم المقدسة، جنوب غرب طهران ودعا طلابه لاتباعه.