يمكن إرجاع أصول القاعدة إلى عام 1979 عندما غزا الاتحاد السوفيتي أفغانستان.

سافر أسامة بن لادن إلى أفغانستان وساعد في تنظيم المجاهدين العرب لمقاومة السوفييت. بتوجيه من أيمن الظواهري، أصبح بن لادن أكثر تطرفا. في عام 1996، أصدر بن لادن أول فتوى، دعا فيها الجنود الأمريكيين إلى مغادرة المملكة العربية السعودية.

الهجمات من تصميم خالد شيخ محمد، الذي قدمها لأول مرة لأسامة بن لادن في عام 1996.

في فتوى ثانية في عام 1998، أوضح بن لادن اعتراضاته على السياسة الخارجية الأمريكية فيما يتعلق بإسرائيل، وكذلك استمرار وجود القوات الأمريكية في المملكة العربية السعودية بعد حرب الخليج. استخدم بن لادن النصوص الإسلامية لحث المسلمين على مهاجمة الأمريكيين حتى يتم عكس المظالم المعلنة. قال بن لادن إن علماء الشريعة الإسلامية "اتفقوا بالإجماع عبر التاريخ الإسلامي على أن الجهاد واجب فردي إذا دمر العدو البلاد الإسلامية".

في مقابلة أجريت في ديسمبر 1999، قال بن لادن إنه شعر أن الأمريكيين "قريبون جدًا من مكة"، واعتبر هذا استفزازًا للعالم الإسلامي بأسره. أشار أحد تحليلات الإرهاب الانتحاري إلى أنه بدون القوات الأمريكية في المملكة العربية السعودية، من المحتمل أن القاعدة لم تكن قادرة على حمل الناس على القيام بمهام انتحارية.

في أوائل عام 1999، أعطى بن لادن موافقته لمحمد للمضي قدما في تنظيم المؤامرة. عقد محمد وبن لادن ونائب بن لادن محمد عاطف سلسلة من الاجتماعات في أوائل عام 1999. وقدم عاطف الدعم التشغيلي، بما في ذلك تحديد الأهداف والمساعدة في ترتيب السفر للخاطفين. ونقض بن لادن موقف محمد رافضا أهدافا محتملة مثل برج بنك الولايات المتحدة في لوس انجليس لضيق الوقت.

قدم بن لادن القيادة والدعم المالي، وشارك في اختيار المشاركين. في البداية اختار نواف الحازمي وخالد المحضار، وكلاهما من الجهاديين ذوي الخبرة الذين قاتلوا في البوسنة.

في أواخر عام 1999، وصلت مجموعة من الرجال من هامبورغ بألمانيا إلى أفغانستان. وضمت المجموعة محمد عطا ومروان الشحي وزياد جراح ورمزي بن الشيبة. اختار بن لادن هؤلاء الرجال لأنهم كانوا متعلمين، ويمكنهم التحدث باللغة الإنجليزية، ولديهم خبرة في العيش في الغرب. تم فحص المجندين الجدد بشكل روتيني بحثًا عن مهارات خاصة، وبالتالي اكتشف قادة القاعدة أن هاني حنجور لديه بالفعل رخصة طيار تجاري. قال محمد لاحقًا إنه ساعد الخاطفين على الاندماج من خلال تعليمهم كيفية طلب الطعام في المطاعم وارتداء الملابس الغربية.

وصل حازمي ومحضار إلى الولايات المتحدة في منتصف كانون الثاني (يناير) 2000. وفي أوائل عام 2000، أخذ حازمي ومحضار دروسًا في الطيران في سان دييغو، كاليفورنيا، لكن كلاهما كان يتحدث الإنجليزية قليلاً، وكان أداؤهم ضعيفًا في دروس الطيران، وفي النهاية خدموا كشئ ثانوى - أو " تدخلوا في غير ما يجب" - كخاطفين.

وصل حنجور إلى سان دييغو في 8 ديسمبر 2000، لينضم إلى الحازمي. سرعان ما غادروا إلى أريزونا، حيث تلقى حنجور تدريبًا تنشيطيًا.

في 1 مايو 2001، أبلغت وكالة المخابرات المركزية البيت الأبيض أن "مجموعة موجودة حاليًا في الولايات المتحدة" كانت في طور التخطيط لهجوم إرهابي.

جاء في الموجز اليومي للرئيس في 29 يونيو / حزيران 2001 أن "[الولايات المتحدة] ليست هدفاً لحملة تضليل أسامة بن لادن". كررت الوثيقة الأدلة المحيطة بالتهديد"، بما في ذلك مقابلة في ذلك الشهر مع صحفي من الشرق الأوسط حذر فيها مساعدو بن لادن من هجوم قادم، فضلاً عن الضغوط التنافسية التي كان يشعر بها الزعيم الإرهابي، بالنظر إلى عدد الإسلاميين الذين يتم تجنيدهم لصالحهم فى منطقة الشيشان الانفصالية الروسية ". وأكدت وكالة المخابرات المركزية الأمريكية أن الهجمات كان من المتوقع أن تكون قريبة المدى وأن يكون لها "عواقب وخيمة".

في يوليو / تموز 2001، التقى جيه كوفر بلاك، رئيس مكافحة الإرهاب في وكالة المخابرات المركزية وجورج تينيت، مدير وكالة المخابرات المركزية، مع كوندوليزا رايس، مستشارة الأمن القومي، لإبلاغها باعتراض الاتصالات وغيرها من المعلومات الاستخباراتية شديدة السرية، والتي تبين الاحتمال المتزايد بأن القاعدة ستفعل ذلك. قريبا مهاجمة الولايات المتحدة. استمعت رايس لكنها لم تكن مقتنعة، فلديها أولويات أخرى يجب التركيز عليها. شكك وزير الدفاع دونالد رامسفيلد في المعلومات التي تشير إلى أنها خدعة تهدف إلى قياس رد الولايات المتحدة.

في يوليو 2001، التقى عطا بن الشيبة في إسبانيا، حيث نسقا تفاصيل المؤامرة، بما في ذلك الاختيار النهائي للهدف. كما نقل بن الشيبة رغبة بن لادن في تنفيذ الهجمات في أسرع وقت ممكن. تلقى بعض الخاطفين جوازات سفر من مسؤولين سعوديين فاسدين من أفراد عائلاتهم، أو استخدموا جوازات سفر مزورة للدخول.

في 6 أغسطس 2001، حذر الإحاطة اليومية للرئيس، بعنوان بن لادن مصمم على الإضراب في الولايات المتحدة، من أن بن لادن كان يخطط لاستغلال وصول عملائه إلى الولايات المتحدة لشن هجوم إرهابي: معلومات مكتب التحقيقات الفيدرالي ... تشير إلى أنماط من النشاط المشبوه في هذا البلد، بما يتفق مع الاستعدادات لعمليات الاختطاف أو أنواع الهجمات الأخرى. وردت رايس على المزاعم حول الإيجاز في بيان أمام لجنة الحادي عشر من سبتمبر قائلة إن المذكرة "لم تكن مدفوعة بأية معلومات تهديد محددة" و"لم تطرح احتمال أن يستخدم الإرهابيون الطائرات كصواريخ".

في منتصف أغسطس، نبهت إحدى مدارس الطيران في مينيسوتا مكتب التحقيقات الفيدرالي بشأن زكريا موسوي، الذي طرح "أسئلة مريبة". وجد مكتب التحقيقات الفيدرالي أن موسوي كان متطرفًا سافر إلى باكستان، واعتقلته دائرة الهجرة والتجنيس بتهمة تجاوز مدة تأشيرته الفرنسية. رفض مقر مكتب التحقيقات الفيدرالي طلبهم للبحث في جهاز الكمبيوتر المحمول الخاص به بسبب عدم وجود سبب محتمل.

رحلة الخطوط الجوية الأمريكية 11: غادرت طائرة بوينج 767 مطار لوجان في الساعة 7:59 صباحًا في طريقها إلى لوس أنجلوس بطاقم مكون من 11 و76 راكبًا، وليس من بينهم الخمسة المختطفين. حلق الخاطفون بالطائرة إلى الواجهة الشمالية للبرج الشمالي لمركز التجارة العالمي في مدينة نيويورك في الساعة 8:46 صباحًا. محمد عطا حطم الطائرة عمدا في البرج الشمالي لمركز التجارة العالمي في مدينة نيويورك، مما أسفر عن مقتل جميع من كانوا على متنها وعددهم 92 شخصا وعدد غير معروف في منطقة تصادم المبنى. الطائرة المعنية، من طراز بوينج 767-223 اى ار، رقم التسجيل "ان 334 ايه ايه".

رحلة يونايتد إيرلاينز 175: غادرت طائرة بوينج 767 مطار لوجان في الساعة 8:14 صباحًا في طريقها إلى لوس أنجلوس مع طاقم من تسعة و51 راكبًا، وليس من بينهم خمسة مختطفين. حلق الخاطفون بالطائرة إلى الواجهة الجنوبية للبرج الجنوبي لمركز التجارة العالمي في مدينة نيويورك في الساعة 9:03 صباحًا. بعد حوالي ثلاثين دقيقة من الرحلة، اخترق الخاطفون قمرة القيادة وتغلبوا على الطيار والضابط الأول، مما سمح للخاطفين الرئيسيين والطيار المدرب مروان الشحي بتولي السيطرة.

في الساعة 8:32 صباحًا، تم إخطار مسؤولي إدارة الطيران الفيدرالية بأن الرحلة 11 قد اختطفت وقاموا بدورهم بإخطار قيادة الدفاع الجوي لأمريكا الشمالية. (قبل الاصطدام).

رحلة يونايتد إيرلاينز 93: غادرت طائرة بوينج 757 مطار نيوارك الدولي في الساعة 8:42 صباحًا في طريقها إلى سان فرانسيسكو، بطاقم مكون من سبعة و 33 راكبًا، وليس بينهم الأربعة خاطفين. عندما حاول الركاب إخضاع الخاطفين، تحطمت الطائرة في حقل في ستونيكريك تاون شيب بالقرب من شانكسفيل، بنسلفانيا، في الساعة 10:03 صباحًا. زياد جراح، الذي تدرب كطيار، سيطر على الطائرة وحولها إلى الساحل الشرقي، في اتجاه واشنطن العاصمة، العاصمة الأمريكية. خالد شيخ محمد ورمزي بن الشيبة، وهما من المحرضين الرئيسيين على الهجمات، زعموا أن الهدف المقصود كان مبنى الكابيتول الأمريكي.

في الساعة 8:46 صباحًا، قام خمسة مختطفين بتحطيم رحلة الخطوط الجوية الأمريكية 11 في الواجهة الشمالية للبرج الشمالي لمركز التجارة العالمي (1 مركز التجارة العالمي).

سارعت قيادة الدفاع الجوي لأمريكا الشمالية إلى طائرتين من طراز F-15 "اف-15" من قاعدة أوتيس الجوية للحرس الوطني في ماساتشوستس وتم نقلهما جوا بحلول الساعة 8:53 صباحًا بسبب التواصل البطيء والمربك من مسؤولي إدارة الطيران الفيدرالية، كان لدى نوراد إشعار مدته 9 دقائق بأن الرحلة 11 قد اختطفت، ولم يكن هناك أي إشعار بذلك. أي من الرحلات الأخرى قبل تحطمها. (بعد الاصطدام الأول (رحلة الخطوط الجوية الأمريكية 11)).

في الساعة 9:03 صباحًا، حطم خمسة خاطفين آخرين رحلة الخطوط الجوية المتحدة رقم 175 في الواجهة الجنوبية للبرج الجنوبي (2 مركز التجارة العالمي). وبلغت حصيلة قتلى هذا التصادم 2,606 قتلى في مركز التجارة العالمي والمنطقة المحيطة.

رحلة الخطوط الجوية الأمريكية 77: غادرت طائرة بوينج 757 مطار واشنطن دالاس الدولي في الساعة 8:20 صباحًا في طريقها إلى لوس أنجلوس مع طاقم مكون من ستة و53 راكبًا، وليس من بينهم خمسة مختطفين. حلق الخاطفون بالطائرة إلى الواجهة الغربية للبنتاغون في مقاطعة أرلينغتون بولاية فيرجينيا في الساعة 9:37 صباحًا. وتولى هاني حنجور، أحد الخاطفين الذي تم تدريبه كطيار، السيطرة على الرحلة. ودون علم الخاطفين، أجرى الركاب على متن الطائرة مكالمات هاتفية مع الأصدقاء والعائلة ونقلوا معلومات عن عملية الاختطاف.

بعد إصابة البرجين التوأمين بالفعل، انطلق المزيد من المقاتلين من قاعدة لانجلي الجوية في فيرجينيا في الساعة 9:30 صباحًا.

حلق خمسة خاطفين برحلة رقم 77 لشركة أمريكان إيرلاينز إلى البنتاغون في الساعة 9:37 صباحًا وبلغ عدد القتلى في هذا التصادم 125 قتيلاً.

في الساعة 9:42 صباحًا ، أوقفت إدارة الطيران الفيدرالية (اف ايه ايه) جميع الطائرات المدنية داخل الولايات المتحدة القارية، وطُلب من الطائرات المدنية التي كانت في حالة طيران بالفعل أن تهبط على الفور. أعيدت جميع الطائرات المدنية الدولية أو أعيد توجيهها إلى مطارات في كندا أو المكسيك، ومُنعت من الهبوط في أراضي الولايات المتحدة لمدة ثلاثة أيام.

انهارت ثلاثة مبانٍ في مركز التجارة العالمي بسبب عطل هيكلي ناجم عن حريق. انهار البرج الجنوبي في الساعة 9:59 صباحًا بعد احتراقه لمدة 56 دقيقة في حريق ناجم عن تأثير طائرة يونايتد إيرلاينز الرحلة 175 وانفجار وقودها.

في الساعة 10:20 صباحًا، أصدر نائب الرئيس ديك تشيني أوامر بإسقاط أي طائرة تجارية يمكن التعرف عليها بشكل إيجابي على أنها مخطوفة. لم يتم نقل هذه التعليمات في الوقت المناسب للمقاتلين لاتخاذ إجراءات.

انهار البرج الشمالي في الساعة 10:28 صباحًا بعد احتراقه لمدة 102 دقيقة.

تحطمت رحلة رابعة، رحلة الخطوط الجوية المتحدة رقم 93، بالقرب من شانكسفيل، بنسلفانيا، جنوب شرق بيتسبرغ، في الساعة 10:03 صباحًا بعد أن حارب الركاب الخاطفين الأربعة. يُعتقد أن هدف الرحلة 93 كان إما مبنى الكابيتول أو البيت الأبيض.

الساعة 2:40 مساءً بعد ظهر يوم 11 سبتمبر، كان وزير الدفاع دونالد رامسفيلد يصدر أوامر سريعة لمساعديه للبحث عن أدلة على تورط عراقي. وطبقاً للملاحظات التي كتبها مسؤول السياسة رفيع المستوى ستيفن كامبون، فقد طلب رامسفيلد "أفضل المعلومات بسرعة. احكم على ما إذا كان جيدًا بما يكفي ضرب صدام حسين في نفس الوقت. ليس فقط أسامة بن لادن".

عندما انهار البرج الشمالي، سقط الحطام على مبنى مركز التجارة العالمي السابع القريب، مما أدى إلى إتلافه وبدء الحرائق. اشتعلت هذه الحرائق لساعات، مما أضر بالسلامة الهيكلية للمبنى، وانهار 7 مركز التجارة العالمي في الساعة 5:21 مساءً.

تسببت الهجمات في مقتل 2,996 شخصًا (بما في ذلك جميع الخاطفين التسعة عشر) وإصابة أكثر من 6,000 آخرين. وشمل عدد القتلى 265 شخصًا من الطائرات الأربع (التي لم ينجُ منها أحد). وكان معظم القتلى من المدنيين، باستثناء 343 رجل إطفاء، و 72 من ضباط إنفاذ القانون، و 55 عسكريًا، و 19 إرهابياً قتلوا في الهجمات.

في وقت مبكر من صباح يوم 11 سبتمبر 2001، سيطر 19 خاطفا على أربع طائرات تجارية (طائرتان من طراز بوينج 757 وطائرتان بوينج 767) في طريقها إلى كاليفورنيا (ثلاثة متجهة إلى مطار لوس أنجلوس وواحدة إلى مطار سان فرانسيسكو الدولي في سان فرانسيسكو).

تم إجلاء عشرين من أفراد عائلة أسامة بن لادن بشكل عاجل من البلاد على متن طائرة خاصة مستأجرة تحت إشراف مكتب التحقيقات الفيدرالي بعد ثلاثة أيام من الهجمات.

في 14 سبتمبر 2001، أقر الكونجرس الأمريكي التفويض باستخدام القوة العسكرية ضد الإرهابيين. ولا يزال ساري المفعول، فهو يمنح الرئيس سلطة استخدام كل "القوة الضرورية والمناسبة" ضد أولئك الذين حددهم خططوا أو سمح لهم أو ارتكبوا أو ساعدوا" في هجمات 11 سبتمبر / أيلول، أو الذين آوا الأشخاص أو الجماعات المذكورة.

كانت هناك تقارير عن هجمات على مساجد ومباني دينية أخرى (بما في ذلك إلقاء قنابل حارقة على معبد هندوسي)، واعتداءات على الناس، بما في ذلك قتل واحد: بالبير سينغ سودهي، السيخي الذي يعتقد أنه مسلم، قُتل بالرصاص في 15 سبتمبر / أيلول 2001، في ميسا، أريزونا.

دبر بن لادن الهجمات ونفى في البداية تورطه لكنه تراجع فيما بعد عن تصريحاته الكاذبة. وبثت قناة الجزيرة بيانا لابن لادن في 16 سبتمبر 2001 جاء فيه "أؤكد أنني لم أنفذ هذا العمل الذي يبدو أنه ارتكب من قبل أفراد بدوافعهم الخاصة".

في أعقاب الهجمات، حاول عشرات الآلاف من الأشخاص الفرار من أفغانستان بسبب احتمال انتقام عسكري من قبل الولايات المتحدة. وأغلقت باكستان، التي كانت بالفعل موطنًا للعديد من اللاجئين الأفغان من الصراعات السابقة، حدودها مع أفغانستان في 17 سبتمبر 2001.

بعد الهجمات بوقت قصير، ظهر الرئيس بوش علنًا في أكبر مركز إسلامي في واشنطن العاصمة وأقر "بالمساهمة القيمة بشكل لا يصدق" التي قدمها ملايين المسلمين الأمريكيين لبلدهم ودعاهم إلى "معاملتهم باحترام".

في 20 سبتمبر 2001، خاطب الرئيس جورج دبليو بوش الأمة وجلسة مشتركة للكونجرس الأمريكي بشأن أحداث 11 سبتمبر والأيام التسعة اللاحقة لجهود الإنقاذ والإنقاذ، ووصف رده المقصود على الهجمات. حظي الدور البارز لعمدة مدينة نيويورك رودي جولياني بثناء كبير في نيويورك وعلى الصعيد الوطني.

في 25 سبتمبر 2001، قال الرئيس الخامس لإيران، محمد خاتمي، في لقاء مع وزير الخارجية البريطاني جاك سترو: "إن إيران تتفهم تمامًا مشاعر الأمريكيين بشأن الهجمات الإرهابية في نيويورك وواشنطن في 11 سبتمبر". وقال إنه على الرغم من أن الإدارات الأمريكية كانت في أحسن الأحوال غير مبالية بالعمليات الإرهابية في إيران (منذ عام 1979)، فإن الإيرانيين بدلاً من ذلك شعروا بشكل مختلف وعبروا عن مشاعرهم المتعاطفة مع الأمريكيين الثكلى في الحوادث المأساوية في المدينتين. كما ذكر أنه "لا ينبغي معاقبة الدول بدلاً من الإرهابيين".

في 27 سبتمبر 2001، أصدر مكتب التحقيقات الفيدرالي صوراً لجميع الخاطفين التسعة عشر، إلى جانب معلومات حول الجنسيات والأسماء المستعارة المحتملة. وكان خمسة عشر رجلا من السعودية واثنان من الامارات وواحد من مصر وواحد من لبنان.

أسفرت أعقاب هجوم 11 سبتمبر عن ردود فعل فورية على الحدث، بما في ذلك ردود الفعل المحلية، وجرائم الكراهية، وردود فعل المسلمين الأمريكيين على الحدث، والردود الدولية على الهجوم، والردود العسكرية على الأحداث. وسرعان ما أسس الكونجرس برنامج تعويضات واسع النطاق في أعقاب ذلك لتعويض الضحايا وعائلات ضحايا هجوم 11 سبتمبر كذلك.

في 7 أكتوبر 2001، بدأت الحرب في أفغانستان عندما بدأت القوات الأمريكية والبريطانية حملات قصف جوي استهدفت معسكرات طالبان والقاعدة، ثم غزت أفغانستان لاحقًا بقوات برية من القوات الخاصة.

في نوفمبر 2001، استعادت القوات الأمريكية شريط فيديو من منزل مدمر في جلال أباد، أفغانستان. في الفيديو، شوهد بن لادن يتحدث إلى خالد الحربي ويعترف بمعرفة مسبقة بالهجمات.

أدى هذا في النهاية إلى الإطاحة بحكم طالبان في أفغانستان مع سقوط قندهار في 7 ديسمبر 2001 من قبل قوات التحالف بقيادة الولايات المتحدة. لا يزال الصراع في أفغانستان مستمرًا بين تمرد طالبان والقوات الأفغانية المدعومة من بعثة الناتو للدعم الحازم.

تم إخماد الحرائق الأخيرة في موقع مركز التجارة العالمي في 20 ديسمبر، بالضبط بعد 100 يوم من الهجمات.

في 27 ديسمبر 2001، تم إصدار شريط فيديو ثانٍ لابن لادن. قال بن لادن في الفيديو: لقد أصبح واضحا أن الغرب بشكل عام وأمريكا بشكل خاص لديهم كراهية لا توصف للإسلام. ... إنها كراهية الصليبيين. إن الإرهاب ضد أمريكا يستحق الثناء لأنه رد على الظلم الذي يهدف إلى إجبار أمريكا على وقف دعمها لإسرائيل التي تقتل شعبنا. .. نقول أن نهاية الولايات المتحدة باتت وشيكة، سواء أكان بن لادن أو أتباعه أحياء أو أموات، فقد حدثت صحوة الأمة المسلمة.

في ربيع عام 2001، بدأ الخاطفون الثانويون بالوصول إلى الولايات المتحدة.

في عام 2001، خسرت الأسهم الأمريكية 1.4 تريليون دولار في التقييم لهذا الأسبوع.

وأفاد الصحفي يسري فودة من قناة الجزيرة الفضائية العربية أنه في أبريل / نيسان 2002 اعتراف خالد شيخ محمد بضلوعه في الاعتداءات إلى جانب رمزي بن الشيبة.

بعد شهور من العمليات على مدار الساعة، تم تصفية موقع مركز التجارة العالمي بحلول نهاية مايو 2002.

اللجنة الوطنية للهجمات الإرهابية على الولايات المتحدة (لجنة 11 سبتمبر)، برئاسة توماس كين ولي هاملتون، تم تشكيلها في أواخر عام 2002 لإعداد تقرير شامل للظروف المحيطة بالهجمات، بما في ذلك التأهب والاستجابة الفورية. ردا على الهجمات.

أعيد بناء الجزء المتضرر من البنتاغون واحتلاله في غضون عام من الهجمات.

يُزعم أن التعرض للسموم الموجودة في الحطام قد ساهم في الإصابة بأمراض قاتلة أو موهنة بين الأشخاص الذين كانوا في جراوند زيرو. أمرت إدارة بوش وكالة حماية البيئة بإصدار بيانات مطمئنة بشأن جودة الهواء في أعقاب الهجمات، مستشهدة بالأمن القومي، لكن وكالة حماية البيئة لم تحدد أن جودة الهواء قد عادت إلى مستويات ما قبل 11 سبتمبر حتى يونيو 2002.

اعتقل خالد شيخ محمد في 1 مارس 2003، في روالبندي، باكستان، من قبل مسؤولي الأمن الباكستانيين العاملين مع وكالة المخابرات المركزية. ثم احتُجز في عدة سجون سرية تابعة لوكالة المخابرات المركزية وخليج جوانتانامو حيث تم استجوابه وتعذيبه بطرق من بينها الإيهام بالغرق.

بحلول الموعد النهائي لتعويض الضحية في 11 سبتمبر 2003، تم تلقي 2,833 طلبًا من عائلات القتلى.

تُعزى الإخفاقات في تبادل المعلومات الاستخباراتية إلى سياسات وزارة العدل لعام 1995 التي حدت من مشاركة المعلومات الاستخباراتية، إلى جانب إحجام وكالة المخابرات المركزية ووكالة الأمن القومي عن الكشف عن "مصادر وأساليب حساسة" مثل الهواتف التي يتم التنصت عليها. في شهادته أمام لجنة 11 سبتمبر في أبريل 2004، أشار المدعي العام آنذاك جون أشكروفت إلى أن "السبب البنيوي الأكبر لمشكلة 11 سبتمبر كان الجدار الذي يفصل أو يفصل بين المحققين الجنائيين وعملاء المخابرات".

في 22 يوليو 2004، أصدرت اللجنة تقرير لجنة 11 سبتمبر. قدم التقرير تفاصيل أحداث الحادي عشر من سبتمبر، ووجد أن الهجمات نفذها أعضاء من القاعدة، وفحص كيف لم يتم التنسيق بين أجهزة الأمن والاستخبارات بشكل كافٍ لمنع الهجمات. وأوضح المفوضون، الذين تشكلوا من مجموعة مستقلة من الحزبين من أعضاء مجلس الشيوخ والنواب والمحافظين السابقين، "نعتقد أن هجمات 11 سبتمبر كشفت عن أربعة أنواع من الإخفاقات: في الخيال والسياسة والقدرات والإدارة".

في عام 2004، ادعى بن لادن أن فكرة تدمير الأبراج خطرت له لأول مرة في عام 1982، عندما شهد قصف إسرائيل للمباني السكنية الشاهقة خلال حرب لبنان عام 1982. كما زعم بعض المحللين، بمن فيهم ميرشايمر ووالت، أن دعم الولايات المتحدة لإسرائيل كان أحد دوافع الهجمات.

قرر تقرير لجنة 11 سبتمبر 2004 أن العداء الذي شعر به محمد، المهندس الرئيسي لهجمات 11 سبتمبر تجاه الولايات المتحدة، نابع من "خلافه العنيف مع السياسة الخارجية للولايات المتحدة لصالح إسرائيل".

في 26 سبتمبر 2005، حكمت المحكمة الإسبانية العليا على أبو دحداح بالسجن 27 عامًا بتهمة التآمر على هجمات 11 سبتمبر ولأنه عضو في تنظيم القاعدة الإرهابي. وفي الوقت نفسه، حُكم على 17 عضوًا آخر من أعضاء القاعدة بعقوبات تراوحت بين ستة أعوام وأحد عشر عامًا.

بدأ بناء مركز التجارة العالمي الواحد في 27 أبريل 2006، ووصل إلى ارتفاعه الكامل في 20 مايو 2013. تم تركيب البرج فوق المبنى في ذلك التاريخ، مما جعل ارتفاع مركز التجارة العالمي 1 في 1,776 قدمًا (541 مترًا)، وبالتالي ادعى لقب أطول مبنى في نصف الكرة الغربي.

واحدة من أولى النصب التذكارية كانت تريبيوت ان لايت "تحية في ضوء"، وهي عبارة عن تركيب مكون من 88 كشافًا ضوئيًا على آثار أقدام أبراج مركز التجارة العالمي. في مدينة نيويورك، أقيمت مسابقة تذكارية لموقع مركز التجارة العالمي لتصميم نصب تذكاري مناسب على الموقع. تم اختيار التصميم الفائز، الذي يعكس الفقدان، في أغسطس 2006، ويتكون من زوج من البرك العاكسة في آثار أقدام الأبراج، وتحيط به قائمة بأسماء الضحايا في مساحة تذكارية تحت الأرض.

ويظهر مقطع فيديو آخر حصلت عليه الجزيرة في سبتمبر / أيلول 2006 لابن لادن مع رمزي ابن الشيبة، بالإضافة إلى اثنين من الخاطفين، حمزة الغامدي وويل الشهري، وهم يستعدون للهجمات.

لا يزال يتم العثور على شظايا العظام في عام 2006 من قبل العمال الذين كانوا يستعدون لهدم مبنى دويتشه بنك التالف.

خلال جلسات الاستماع الأمريكية في خليج جوانتانامو في مارس 2007، اعترف محمد مرة أخرى بمسؤوليته عن الهجمات، قائلاً إنه "مسؤول عن عملية 11 سبتمبر من الألف إلى الياء" وأن تصريحه لم يصدر تحت الإكراه.

في مايو 2007، صاغ أعضاء مجلس الشيوخ من كلا الحزبين السياسيين الرئيسيين في الولايات المتحدة تشريعات لإعلان المراجعة. قال أحد المؤيدين، السناتور رون وايدن، "للشعب الأمريكي الحق في معرفة ما كانت وكالة المخابرات المركزية تفعله في تلك الأشهر الحاسمة قبل 11 سبتمبر".

في مقاطعة أرلينجتون ، تم الانتهاء من بناء نصب البنتاجون التذكاري وافتتاحه للجمهور في الذكرى السابعة للهجمات في عام 2008. ويتكون من حديقة ذات مناظر طبيعية مع 184 مقعدًا تواجه البنتجون. عندما تم إصلاح البنتاجون في 2001-2002، تم تضمين كنيسة خاصة ونصب تذكاري داخلي، يقعان في المكان الذي تحطمت فيه الرحلة 77 في المبنى.

في 22 ديسمبر 2010، أصدر كونغرس الولايات المتحدة قانون الصحة والتعويضات 9/11 لجيمس إل زادروغا. وخصصت 4.2 مليار دولار لإنشاء برنامج الصحة التابع لمركز التجارة العالمي، والذي يوفر الاختبارات والعلاج للأشخاص الذين يعانون من مشاكل صحية طويلة الأجل تتعلق بهجمات 11 سبتمبر.

في عام 2010، قام فريق من علماء الأنثروبولوجيا وعلماء الآثار بالبحث عن رفات بشرية ومتعلقات شخصية في مكب نفايات فريش كيلز، حيث تم العثور على 72 رفات بشرية أخرى، ليصل إجمالي الرفات التي تم العثور عليها إلى 1845. يستمر تحديد سمات الحمض النووي في محاولة للتعرف على المزيد من الضحايا.

بعد مطاردة استمرت 10 سنوات، أعلن الرئيس الأمريكي باراك أوباما أن بن لادن قتل على يد القوات الأمريكية الخاصة في مجمعه في أبوت آباد، باكستان، في 1 مايو 2011.

اكتمل النصب التذكاري في 11 سبتمبر 2011.

تم إدانة قاعة فايترمان في كلية مانهاتن المجتمعية في 30 ويست برودواى بسبب الأضرار الجسيمة في الهجمات، وأعيد فتحها في عام 2012.

في موقع مركز التجارة العالمي، كان من المقرر بناء ثلاثة أبراج مكتبية أخرى في كتلة واحدة شرق حيث كانت الأبراج الأصلية قائمة. في غضون ذلك، تم افتتاح مركز التجارة العالمي 4 في نوفمبر 2013، مما يجعله ثاني برج في الموقع يتم افتتاحه خلف مركز التجارة العالمي 7، وكذلك المبنى الأول في ملكية هيئة الميناء.

تم افتتاح متحف في الموقع أيضًا في 21 مايو 2014.

في شانكسفيل، تم افتتاح مركز زوار من الخرسانة والزجاج في 10 سبتمبر 2015، يقع على تل يطل على موقع التحطم وعلى جدار الأسماء من الرخام الأبيض. منصة مراقبة في مركز الزوار وجدار من الرخام الأبيض مصطفان أسفل مسار الرحلة 93.

كانت محطة مركز التجارة العالمي تقع تحت المجمع. نتيجة لذلك، تم هدم المحطة بالكامل تمامًا عندما انهارت الأبراج، وغمرت المياه الأنفاق المؤدية إلى محطة اكسشينج بلاس في مدينة جيرسي، نيو جيرسي. أعيد بناء المحطة كمركز نقل مركز التجارة العالمي بقيمة 4 مليارات دولار، والذي أعيد افتتاحه في مارس 2015.

في يوليو / تموز 2016، أصدرت إدارة أوباما وثيقة جمعتها المحققتان الأمريكيتان دانا ليسيمان ومايكل جاكوبسون، والمعروفة باسم "الملف 17"، والتي تحتوي على قائمة بأسماء عشرات الأشخاص، بما في ذلك ضباط المخابرات السعودية المشتبه بهم الملحقون بسفارة المملكة العربية السعودية في واشنطن. العاصمة التي تربط المملكة العربية السعودية بالخاطفين.

3 تم افتتاح مركز التجارة العالمي في 11 يونيو 2018، ليصبح رابع ناطحة سحاب في الموقع يتم الانتهاء منها.

كانت شارع محطة كورتلاند على "خط اى ار تى برودواى-سيفينث افينيو" لمترو الأنفاق بمدينة نيويورك على مقربة من مجمع مركز التجارة العالمي، وتم تحويل المحطة بأكملها، جنبًا إلى جنب مع المسار المحيط، إلى أنقاض. تمت إعادة بناء المحطة الأخيرة وفتحها للجمهور في 8 سبتمبر 2018.

أشارت رسالة قدمها محامو خالد شيخ محمد في المحكمة الجزئية الأمريكية، مانهاتن في 26 يوليو 2019، إلى اهتمامه بالإدلاء بشهادته حول دور المملكة العربية السعودية في هجمات 11 سبتمبر ومساعدة ضحايا وأسر ضحايا 9 /11 مقابل عدم سعي الولايات المتحدة لعقوبة الإعدام بحقه. أثار جيمس كريندلر، أحد محامي الضحايا، تساؤلات حول فائدة محمد.