Bach byl asi čtyři měsíce nepřítomen
Navzdory silným rodinným vazbám a hudebně nadšenému zaměstnavateli se po několika letech ve funkci vybudovalo napětí mezi Bachem a úřady. Bach byl nespokojen s úrovní zpěváků v sboru. Jednoho z nich nazval „Zippel Fagottist“ (fagotista-břídil). Pozdě pozdě večer tento student, jménem Geyersbach, napadl Bacha holí. Bach podal na Geyersbacha stížnost u úřadů. Ty Geyersbacha osvobodily s mírným napomenutím a Bachovi nařídily, aby byl umírněnější ohledně hudebních kvalit, které od svých studentů očekával. O několik měsíců později Bach rozhněval svého zaměstnavatele dlouhou nepřítomností v Arnstadtu: poté, co získal dovolenou na čtyři týdny, byl v letech 1705–1706 asi čtyři měsíce nepřítomen, aby navštívil varhaníka a skladatele Dietericha Buxtehudeho v severním městě Lübecku. Návštěva Buxtehudeho zahrnovala cestu dlouhou 450 kilometrů v každém směru, údajně pěšky.