Dne 12. října 2000 bombový útok na USS Cole povzbudil několik členů k odchodu. Muhammad Atef utekl z Kandaháru, al-Zaváhirí do Kábulu a bin Ládin uprchl do Kábulu, kde se později připojil k Atefovi, když si uvědomil, že žádné americké odvetné útoky nehrozí.
