V důsledku útoků se desetitisíce lidí pokusily uprchnout z Afghánistánu kvůli možnosti vojenské odvety ze strany Spojených států. Pákistán, který již byl domovem mnoha afghánských uprchlíků z předchozích konfliktů, uzavřel 17. září 2001 své hranice s Afghánistánem.
