Η Βενεζουέλα ανακηρύχθηκε ανεξάρτητη
Μετά τα γεγονότα, ο Μπολίβαρ συνέχισε να κυβερνά σε ένα αποστειρωμένο περιβάλλον, στριμωγμένος από φατριαστικές διαμάχες. Εξεγέρσεις σημειώθηκαν στη Νέα Γρανάδα, τη Βενεζουέλα και τον Ισημερινό κατά τη διάρκεια των επόμενων δύο ετών. Οι αυτονομιστές τον κατηγόρησαν ότι πρόδωσε τις δημοκρατικές αρχές και ότι ήθελε να εγκαθιδρύσει μια μόνιμη δικτατορία. Η Μεγάλη Κολομβία κήρυξε τον πόλεμο κατά του Περού όταν ο πρόεδρος Στρατηγός Λα Μαρ εισέβαλε στο Γουαγιακίλ. Αργότερα ηττήθηκε από τον Στρατάρχη Αντόνιο Χοσέ ντε Σούκρε στη Μάχη του Πορτέτε ντε Τάρκι, στις 27 Φεβρουαρίου 1829. Ο Σούκρε δολοφονήθηκε στις 4 Ιουνίου 1830. Ο Στρατηγός Χουάν Χοσέ Φλόρες ήθελε να αποσχίσει τα νότια διαμερίσματα (Κίτο, Γουαγιακίλ και Αζουάι), γνωστά ως Περιφέρεια του Ισημερινού, από τη Μεγάλη Κολομβία για να σχηματίσει μια ανεξάρτητη χώρα και να γίνει ο πρώτος της Πρόεδρος. Η Βενεζουέλα ανακηρύχθηκε ανεξάρτητη στις 13 Ιανουαρίου 1830 και ο Χοσέ Αντόνιο Πάες διατήρησε την προεδρία της χώρας, εξορίζοντας τον Μπολίβαρ.