Πύραυλος χάσματος
Ο Κένεντι έθεσε υποψηφιότητα για πρόεδρος το 1960, ένα από τα βασικά εκλογικά του ζητήματα ήταν ένα υποτιθέμενο "πύραυλος χάσματος" με τους Σοβιετικούς.

Τρίτη Οκτ 16, 1962 έως Δευτέρα Οκτ 29, 1962
Cuba
Η Κρίση των πυραύλων της Κούβας, γνωστή και ως Κρίση του Οκτωβρίου του 1962, Κρίση της Καραϊβικής ή Φόβος των Πυραύλων, ήταν μια αντιπαράθεση 35 ημερών μεταξύ των Ηνωμένων Πολιτειών και της Σοβιετικής Ένωσης, η οποία κλιμακώθηκε σε διεθνή κρίση όταν οι αμερικανικές αναπτύξεις πυραύλων στην Ιταλία και την Τουρκία αντιμετωπίστηκαν με σοβιετικές αναπτύξεις παρόμοιων βαλλιστικών πυραύλων στην Κούβα.
Ο Κένεντι έθεσε υποψηφιότητα για πρόεδρος το 1960, ένα από τα βασικά εκλογικά του ζητήματα ήταν ένα υποτιθέμενο "πύραυλος χάσματος" με τους Σοβιετικούς.
Το 1961, η Αμερική ανακάλυψε ότι οι Σοβιετικοί είχαν μόνο τέσσερις διηπειρωτικούς βαλλιστικούς πυραύλους (ICBM) R-7 Semyorka.
Η ΕΣΣΔ εξέδωσε τελεσίγραφο απαιτώντας την απόσυρση όλων των ενόπλων δυνάμεων από το Βερολίνο, συμπεριλαμβανομένων των δυτικών ενόπλων δυνάμεων στο Δυτικό Βερολίνο. Η κρίση κορυφώθηκε με τον de facto διαχωρισμό της πόλης με την ανέγερση του Τείχους του Βερολίνου από την Ανατολική Γερμανία.
Στα τέλη του 1961, ο Φιντέλ Κάστρο ζήτησε περισσότερους αντιαεροπορικούς πυραύλους SA-2 από τη Σοβιετική Ένωση. Το αίτημα δεν ικανοποιήθηκε από τη σοβιετική ηγεσία.
Στις αρχές του 1962, μια ομάδα Σοβιετικών στρατιωτικών και ειδικών κατασκευής πυραύλων συνόδευσε μια γεωργική αντιπροσωπεία στην Αβάνα.
Τον Ιανουάριο του 1962, ο στρατηγός του αμερικανικού στρατού Έντουαρντ Λάνσντεϊλ περιέγραψε σχέδια για την ανατροπή της κουβανικής κυβέρνησης σε μια άκρως απόρρητη έκθεση (μερικώς αποχαρακτηρισμένη το 1989), απευθυνόμενη στον Κένεντι και σε αξιωματούχους που εμπλέκονταν στην Επιχείρηση Mongoose.
Ο Τίμοθι Νάφταλι υποστήριξε ότι η απόλυση του Εσκαλάντε ήταν ένας καθοριστικός παράγοντας πίσω από τη σοβιετική απόφαση να τοποθετήσουν πυρηνικούς πυραύλους στην Κούβα το 1962.
Τον Φεβρουάριο του 1962, οι ΗΠΑ επέβαλαν εμπάργκο κατά της Κούβας και ο Λάνσντεϊλ παρουσίασε ένα άκρως απόρρητο χρονοδιάγραμμα 26 σελίδων για την εφαρμογή της ανατροπής της κουβανικής κυβέρνησης.
Τον Μάιο του 1962, ο Σοβιετικός Πρώτος Γραμματέας Νικήτα Χρουστσόφ πείστηκε από την ιδέα της αντιμετώπισης του αυξανόμενου προβαδίσματος των ΗΠΑ στην ανάπτυξη και εγκατάσταση στρατηγικών πυραύλων, τοποθετώντας σοβιετικούς πυρηνικούς πυραύλους μέσου βεληνεκούς στην Κούβα.
Μέχρι τον Μάιο, ο Χρουστσόφ και ο Κάστρο συμφώνησαν να τοποθετήσουν στρατηγικούς πυρηνικούς πυραύλους κρυφά στην Κούβα.
Ειδικοί στην κατασκευή πυραύλων με το πρόσχημα των "χειριστών μηχανημάτων", "ειδικών άρδευσης" και "γεωργικών ειδικών" έφτασαν τον Ιούλιο.
Ο διευθυντής της CIA Τζον Α. Μακόουν ήταν καχύποπτος. Η αποστολή αντιαεροπορικών πυραύλων στην Κούβα, σκέφτηκε, "είχε νόημα μόνο αν η Μόσχα σκόπευε να τους χρησιμοποιήσει για να προστατεύσει μια βάση για βαλλιστικούς πυραύλους που στόχευαν τις Ηνωμένες Πολιτείες". Στις 10 Αυγούστου, έγραψε ένα υπόμνημα στον Κένεντι στο οποίο υπέθετε ότι οι Σοβιετικοί ετοιμάζονταν να εισάγουν βαλλιστικούς πυραύλους στην Κούβα.
Το πρώτο ζήτημα που οδήγησε σε παύση των πτήσεων αναγνώρισης συνέβη στις 30 Αυγούστου, όταν ένα U-2 που λειτουργούσε από τη Στρατηγική Αεροπορική Διοίκηση της Πολεμικής Αεροπορίας των ΗΠΑ πέταξε κατά λάθος πάνω από το νησί Σαχαλίνη στη σοβιετική Άπω Ανατολή.
Στις 31 Αυγούστου, ο γερουσιαστής Κένεθ Κίτινγκ (Ρεπουμπλικάνος από τη Νέα Υόρκη) προειδοποίησε στη Γερουσία ότι η Σοβιετική Ένωση "κατά πάσα πιθανότητα" κατασκεύαζε μια βάση πυραύλων στην Κούβα. Κατηγόρησε την κυβέρνηση Κένεντι ότι συγκάλυπτε μια σημαντική απειλή για τις ΗΠΑ, ξεκινώντας έτσι την κρίση.
Τον Σεπτέμβριο του 1962, αναλυτές από την Υπηρεσία Πληροφοριών Άμυνας (DIA) παρατήρησαν ότι οι κουβανικές τοποθεσίες πυραύλων εδάφους-αέρος ήταν διατεταγμένες σε ένα μοτίβο παρόμοιο με εκείνο που χρησιμοποιούσε η Σοβιετική Ένωση για την προστασία των βάσεων ICBM της, οδηγώντας τη DIA να πιέσει για την επανέναρξη των πτήσεων U-2 πάνω από το νησί.
Το πρώτο φορτίο σοβιετικών πυραύλων R-12 έφτασε τη νύχτα της 8ης Σεπτεμβρίου, ακολουθούμενο από ένα δεύτερο στις 16 Σεπτεμβρίου. Ο R-12 ήταν ένας βαλλιστικός πύραυλος μέσου βεληνεκούς, ικανός να μεταφέρει θερμοπυρηνική κεφαλή.
Στις 15 Οκτωβρίου, το Εθνικό Κέντρο Ερμηνείας Φωτογραφιών (NPIC) της CIA εξέτασε τις φωτογραφίες του U-2 και εντόπισε αντικείμενα που ερμήνευσαν ως βαλλιστικούς πυραύλους μέσου βεληνεκούς.
Στις 17 Οκτωβρίου, ο αξιωματούχος της σοβιετικής πρεσβείας Γκεόργκι Μπολσάκοφ μετέφερε στον Πρόεδρο Κένεντι ένα προσωπικό μήνυμα από τον Χρουστσόφ, διαβεβαιώνοντάς τον ότι "σε καμία περίπτωση δεν θα αποστέλλονταν πύραυλοι εδάφους-εδάφους στην Κούβα".
Στις 19 Οκτωβρίου, η EXCOMM σχημάτισε ξεχωριστές ομάδες εργασίας για να εξετάσουν τις επιλογές αεροπορικής επίθεσης και αποκλεισμού, και μέχρι το απόγευμα η περισσότερη υποστήριξη στην EXCOMM μετατοπίστηκε προς την επιλογή του αποκλεισμού.
Ο Κένεντι συναντήθηκε με μέλη της EXCOMM και άλλους κορυφαίους συμβούλους καθ' όλη τη διάρκεια της 21ης Οκτωβρίου, εξετάζοντας δύο εναπομείνασες επιλογές: μια αεροπορική επίθεση κυρίως κατά των κουβανικών βάσεων πυραύλων ή έναν ναυτικό αποκλεισμό της Κούβας.
Στις 22 Οκτωβρίου στις 7:00 μ.μ. EDT, ο Κένεντι απηύθυνε ένα τηλεοπτικό διάγγελμα σε εθνικό επίπεδο σε όλα τα μεγάλα δίκτυα ανακοινώνοντας την ανακάλυψη των πυραύλων.
Στις 10:00 μ.μ. EDT, οι ΗΠΑ αύξησαν το επίπεδο ετοιμότητας των δυνάμεων SAC στο DEFCON 2. Για τη μοναδική επιβεβαιωμένη φορά στην ιστορία των ΗΠΑ, τα βομβαρδιστικά B-52 τέθηκαν σε συνεχή εναέρια επιφυλακή και τα μεσαία βομβαρδιστικά B-47 διασκορπίστηκαν σε διάφορα στρατιωτικά και πολιτικά αεροδρόμια και ετοιμάστηκαν να απογειωθούν, πλήρως εξοπλισμένα, με προειδοποίηση 15 λεπτών.
Το Σάββατο, 27 Οκτωβρίου, μετά από πολλές διαβουλεύσεις μεταξύ της Σοβιετικής Ένωσης και του υπουργικού συμβουλίου του Κένεντι, ο Κένεντι συμφώνησε μυστικά να αποσύρει όλους τους πυραύλους που είχαν τοποθετηθεί στην Τουρκία και πιθανώς στη νότια Ιταλία, οι πρώτοι εκ των οποίων βρίσκονταν στα σύνορα της Σοβιετικής Ένωσης, με αντάλλαγμα την απόσυρση από τον Χρουστσόφ όλων των πυραύλων στην Κούβα.
Η σοβιετική πυρηνική ικανότητα το 1962 έδινε λιγότερη έμφαση στους διηπειρωτικούς βαλλιστικούς πυραύλους (ICBMs) και μεγαλύτερη στους βαλλιστικούς πυραύλους μέσου και ενδιάμεσου βεληνεκούς (MRBMs και IRBMs).