کلئوپاترا سپس برادرش بطلمیوس چهاردهم را کشت و پسرش سزاریون را به عنوان همفرمانروا برگزید. در جنگ داخلی آزادیخواهان در سالهای ۴۲–۴۳ پیش از میلاد، کلئوپاترا از دومین تریومویرات روم که توسط اکتاویان، مارک آنتونی و مارکوس امیلیوس لپیدوس تشکیل شده بود، حمایت کرد.
