Bach s'absente pendant environ quatre mois
Malgré de solides relations familiales et un employeur enthousiaste pour la musique, des tensions se sont accumulées entre Bach et les autorités après plusieurs années en poste. Bach était mécontent du niveau des chanteurs de la chorale. Il a qualifié l'un d'eux de « Zippel Fagottist » (bassoniste de pacotille). Tard un soir, cet étudiant, nommé Geyersbach, a poursuivi Bach avec un bâton. Bach a déposé une plainte contre Geyersbach auprès des autorités. Elles ont acquitté Geyersbach avec une légère réprimande et ont ordonné à Bach d'être plus modéré concernant les qualités musicales qu'il attendait de ses élèves. Quelques mois plus tard, Bach a contrarié son employeur par une absence prolongée d'Arnstadt : après avoir obtenu un congé de quatre semaines, il s'est absenté pendant environ quatre mois en 1705–1706 pour rendre visite à l'organiste et compositeur Dieterich Buxtehude dans la ville septentrionale de Lübeck. La visite à Buxtehude impliquait un voyage de 450 kilomètres dans chaque sens, apparemment à pied.
