La première fois confirmée qu'Al-Zawahiri prenait des mesures militantes contre le gouvernement pakistanais

En juillet 2007, Al-Zawahiri a fourni des directives pour le siège de la Lal Masjid, nom de code Opération Silence. C'était la première fois confirmée qu'Al-Zawahiri prenait des mesures militantes contre le gouvernement pakistanais et guidait des militants islamiques contre l'État du Pakistan. Les troupes de l'armée pakistanaise et le Special Service Group prenant le contrôle de la Lal Masjid (« Mosquée rouge ») à Islamabad ont trouvé des lettres d'al-Zawahiri dirigeant les militants islamiques Abdul Rashid Ghazi et Abdul Aziz Ghazi, qui dirigeaient la mosquée et la madrasa adjacente. Ce conflit a fait 100 morts.

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