L'entraîneur du club d'Eredivisie Heerenveen

Le 13 février 2012, il a été annoncé que Van Basten deviendrait l'entraîneur du club d'Eredivisie Heerenveen pour la saison 2012-2013. Van Basten a mené Heerenveen à une huitième place lors de la campagne 2012-2013. Il les a ensuite menés à une cinquième place la saison suivante, lors de la campagne 2013-2014. Il a terminé son mandat avec un bilan de 27 victoires, 18 nuls et 27 défaites en 72 matchs.

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