אל-חאכם התיר בסופו של דבר למתאסלמים בעל כורחם, נוצרים ויהודים, לחזור לדתם ולבנות מחדש את בתי התפילה ההרוסים שלהם. ואכן, מ-1012 עד 1021 הפך אל-חאכם לסובלני יותר כלפי היהודים והנוצרים ועוין כלפי הסונים. באופן אירוני, הוא פיתח יחס עוין במיוחד כלפי המוסלמים השיעים. בתקופה זו, בשנת 1017, החלה הדת הייחודית של הדרוזים להתפתח כדת עצמאית המבוססת על ההתגלות (כַּשְׁף) של אל-חאכם כאלוהי.
בשנותיו האחרונות, הפגין אל-חאכם נטייה גוברת לסגפנות ופרש למדיטציה באופן קבוע. בליל ה-12/13 בפברואר 1021, בגיל 35, יצא אל-חאכם לאחד ממסעות הלילה שלו לגבעות המוקטם מחוץ לקהיר, ומעולם לא חזר. חיפושים העלו רק את חמורו ובגדיו המוכתמים בדם. היעלמותו נותרה בגדר תעלומה, אם כי סביר להניח שאחותו סת אל-מולכ ארגנה את התנקשותו, בהיותה מתנגדת למדיניותו הבלתי סובלנית. את אל-חאכם ירש בנו הצעיר עלי א-זאהר תחת עוצרותה של סת אל-מולכ.
אל-חאכם התיר בסופו של דבר למתאסלמים בעל כורחם, נוצרים ויהודים, לחזור לדתם ולבנות מחדש את בתי התפילה ההרוסים שלהם. ואכן, מ-1012 עד 1021 הפך אל-חאכם לסובלני יותר כלפי היהודים והנוצרים ועוין כלפי הסונים. באופן אירוני, הוא פיתח יחס עוין במיוחד כלפי המוסלמים השיעים. בתקופה זו, בשנת 1017, החלה הדת הייחודית של הדרוזים להתפתח כדת עצמאית המבוססת על ההתגלות (כַּשְׁף) של אל-חאכם כאלוהי.
בשנותיו האחרונות, הפגין אל-חאכם נטייה גוברת לסגפנות ופרש למדיטציה באופן קבוע. בליל ה-12/13 בפברואר 1021, בגיל 35, יצא אל-חאכם לאחד ממסעות הלילה שלו לגבעות המוקטם מחוץ לקהיר, ומעולם לא חזר. חיפושים העלו רק את חמורו ובגדיו המוכתמים בדם. היעלמותו נותרה בגדר תעלומה, אם כי סביר להניח שאחותו סת אל-מולכ ארגנה את התנקשותו, בהיותה מתנגדת למדיניותו הבלתי סובלנית. את אל-חאכם ירש בנו הצעיר עלי א-זאהר תחת עוצרותה של סת אל-מולכ.
