למרות תביעותיו הקיסריות, שלטונו של פרידריך היווה נקודת מפנה מרכזית לעבר התפרקות השלטון המרכזי באימפריה. בעודו מרוכז בהקמת מדינה מודרנית ומרכזית בסיציליה, הוא נעדר לרוב מגרמניה והעניק זכויות מרחיקות לכת לנסיכים החילוניים והכנסייתיים של גרמניה: ב-Confoederatio cum principibus ecclesiasticis משנת 1220, ויתר פרידריך על מספר זכויות "רגליה" לטובת הבישופים, ביניהן מכסים, הטבעת מטבעות וביצורים.
האפיפיור אינוקנטיוס השלישי, שחשש מהאיום שנשקף מאיחוד האימפריה וסיציליה, נתמך כעת על ידי פרידריך השני, שצעד לגרמניה והביס את אוטו. לאחר ניצחונו, פרידריך לא פעל לפי הבטחתו לשמור על שתי הממלכות נפרדות. אף שהמליך את בנו הנרי למלך סיציליה לפני הצעידה לגרמניה, הוא עדיין שמר לעצמו כוח פוליטי ממשי. זה נמשך לאחר שפרידריך הוכתר לקיסר בשנת 1220. מחשש מריכוז הכוח של פרידריך, הטיל האפיפיור לבסוף חרם על הקיסר. נקודת מחלוקת נוספת הייתה מסע הצלב, שפרידריך הבטיח אך דחה שוב ושוב.
למרות תביעותיו הקיסריות, שלטונו של פרידריך היווה נקודת מפנה מרכזית לעבר התפרקות השלטון המרכזי באימפריה. בעודו מרוכז בהקמת מדינה מודרנית ומרכזית בסיציליה, הוא נעדר לרוב מגרמניה והעניק זכויות מרחיקות לכת לנסיכים החילוניים והכנסייתיים של גרמניה: ב-Confoederatio cum principibus ecclesiasticis משנת 1220, ויתר פרידריך על מספר זכויות "רגליה" לטובת הבישופים, ביניהן מכסים, הטבעת מטבעות וביצורים.
האפיפיור אינוקנטיוס השלישי, שחשש מהאיום שנשקף מאיחוד האימפריה וסיציליה, נתמך כעת על ידי פרידריך השני, שצעד לגרמניה והביס את אוטו. לאחר ניצחונו, פרידריך לא פעל לפי הבטחתו לשמור על שתי הממלכות נפרדות. אף שהמליך את בנו הנרי למלך סיציליה לפני הצעידה לגרמניה, הוא עדיין שמר לעצמו כוח פוליטי ממשי. זה נמשך לאחר שפרידריך הוכתר לקיסר בשנת 1220. מחשש מריכוז הכוח של פרידריך, הטיל האפיפיור לבסוף חרם על הקיסר. נקודת מחלוקת נוספת הייתה מסע הצלב, שפרידריך הבטיח אך דחה שוב ושוב.
