ממשלת סוריה אילצה את קרלוס להישאר לא פעיל, ובעקבות זאת הוא נתפס כאיום מנוטרל. בשנת 1990 פנתה אליו ממשלת עיראק לצורך עבודה, ובספטמבר 1991 הוא גורש מסוריה, שתמכה בהתערבות האמריקאית נגד הפלישה העיראקית לכווית. לאחר שהייה קצרה בירדן, הוענקה לו הגנה בסודאן, שם התגורר בחרטום.
