התפרקות ליגת הקומוניסטים
בינואר 1990 התפרקה ליגת הקומוניסטים על רקע אתני, כאשר הפלגים הקרואטיים והסלובניים דרשו פדרציה רופפת יותר בקונגרס החירום ה-14.

יום ראשון מרץ ד, י עד יום ראשון נוב׳ ד, י
Croatia
מלחמת העצמאות של קרואטיה התנהלה בין השנים 1991 ל-1995 בין כוחות קרואטיים הנאמנים לממשלת קרואטיה – שהכריזה על עצמאותה מהרפובליקה הפדרלית הסוציאליסטית של יוגוסלביה (SFRY) – לבין צבא העם היוגוסלבי (JNA) שבשליטת הסרבים וכוחות סרביים מקומיים, כאשר ה-JNA סיים את פעולותיו הקרביות בקרואטיה עד 1992. בקרואטיה, המלחמה מכונה בעיקר "מלחמת המולדת" (Domovinski rat) וגם "התוקפנות הסרבית הגדולה". במקורות סרביים נעשה שימוש במונחים "המלחמה בקרואטיה" (Rat u Hrvatskoj) ו"המלחמה בקראינה" (Rat u Krajini).
בינואר 1990 התפרקה ליגת הקומוניסטים על רקע אתני, כאשר הפלגים הקרואטיים והסלובניים דרשו פדרציה רופפת יותר בקונגרס החירום ה-14.
בפברואר 1990 ייסד יובאן ראשקוביץ' את המפלגה הדמוקרטית הסרבית (SDS) בקנין, שתוכניתה נועדה לשנות את החלוקה האזורית של קרואטיה כך שתתואם עם האינטרסים האתניים הסרביים.
ב-4 במרץ 1990, 50,000 סרבים הפגינו בפטרובה גורה וקראו קריאות גנאי נגד טוג'מן, צעקו "זו סרביה" והביעו תמיכה במילושביץ'.
הבחירות החופשיות הראשונות בקרואטיה ובסלובניה נקבעו לכמה חודשים לאחר מכן. הסיבוב הראשון של הבחירות בקרואטיה נערך ב-22 באפריל, והסיבוב השני ב-6 במאי.
אווירה מתוחה שררה ב-13 במאי 1990, כאשר נערך משחק כדורגל בזאגרב באצטדיון מקסימיר בין קבוצת דינמו זאגרב לבין הכוכב האדום בלגרד. המשחק התדרדר לאלימות בין האוהדים הקרואטים והסרבים ובינם לבין המשטרה.
ב-14 במאי 1990, כלי הנשק של ה-TO (ההגנה הטריטוריאלית) של קרואטיה, באזורים בעלי רוב קרואטי, נלקחו על ידי ה-JNA, מה שמנע מקרואטיה את האפשרות להחזיק בנשק משלה כפי שנעשה בסלובניה. בוריסב יוביץ', נציג סרביה בנשיאות הפדרלית ובעל ברית קרוב של סלובודן מילושביץ', טען כי פעולה זו נעשתה בהוראת סרביה.
ב-30 במאי 1990 קיים הפרלמנט הקרואטי החדש את ישיבתו הראשונה.
לדברי יוביץ', ב-27 ביוני 1990 הוא נפגש עם וליקו קאדייביץ', שר ההגנה היוגוסלבי, והם הסכימו כי עליהם, בנוגע לקרואטיה וסלובניה, "לגרש אותן בכוח מיוגוסלביה, פשוט על ידי שרטוט גבולות והכרזה שהן הביאו זאת על עצמן באמצעות החלטותיהן". לדברי יוביץ', למחרת הוא השיג את הסכמתו של מילושביץ'.
לאחר בחירתו של טוג'מן (נשיא קרואטיה) ומפלגת ה-HDZ, הוקמה ב-25 ביולי 1990 אספה סרבית בסרב, מצפון לקנין, כייצוג פוליטי של העם הסרבי בקרואטיה. האספה הסרבית הכריזה על "ריבונות ואוטונומיה של העם הסרבי בקרואטיה".
באוגוסט 1990 נערך משאל עם מונו-אתני לא מוכר באזורים עם אוכלוסייה סרבית משמעותית, שיהפכו מאוחר יותר למה שנודע כרפובליקה של קראינה הסרבית (RSK) (הגובלת במערב בוסניה והרצגובינה), בנושא "הריבונות והאוטונומיה" הסרבית בקרואטיה.
ב-21 בדצמבר 1990 הוכרזה ה-SAO קראינה (המחוז האוטונומי הסרבי של קראינה) על ידי העיריות של אזורי דלמטיה הצפונית וליקה, בדרום-מערב קרואטיה. סעיף 1 לחוקת ה-SAO קראינה הגדיר את ה-SAO קראינה כ"צורת אוטונומיה טריטוריאלית בתוך הרפובליקה של קרואטיה" שבה חלו חוקת הרפובליקה של קרואטיה, חוקי המדינה וחוקת ה-SAO קראינה.
ב-22 בדצמבר 1990 אישר הפרלמנט של קרואטיה את החוקה החדשה, שנתפסה על ידי הסרבים כנטילת זכויות שהוענקו על ידי החוקה הסוציאליסטית.
הסכסוך הסלים לתקריות מזוינות באזורים המאוכלסים ברוב סרבי. הסרבים תקפו יחידות משטרה קרואטיות בפאקראץ בתחילת מרץ.
יוסיפ יוביץ' נחשב באופן נרחב לשוטר הראשון שנהרג על ידי כוחות סרביים כחלק מהמלחמה, במהלך תקרית אגמי פליטביצה בסוף מרץ 1991.
ב-12 במרץ 1991 נפגשה הנהגת הצבא עם נשיאות ה-SFRY בניסיון לשכנע אותם להכריז על מצב חירום שיאפשר לצבא להשתלט על המדינה.
הצבא הקרואטי היה במצב גרוע בהרבה מזה של הסרבים. בשלבים המוקדמים של המלחמה, מחסור ביחידות צבאיות גרם לכך שכוח המשטרה הקרואטי נשא בנטל הלחימה. המשמר הלאומי הקרואטי, הצבא הקרואטי החדש, הוקם ב-11 באפריל 1991, והתפתח בהדרגה לצבא קרואטיה עד 1993.
בטובארניק, שוטר קרואטי נהרג על ידי כוחות פארא-צבאיים סרביים ב-2 במאי.
בסוטין, אזרח סרבי נהרג ב-5 במאי כאשר נקלע לחילופי אש בין כוחות פארא-צבאיים סרביים לקרואטיים.
ב-6 במאי, המחאה של 1991 בספליט נגד המצור על קייבו במפקדת הצי בספליט הביאה למותו של חייל בצבא העם היוגוסלבי.
ב-15 במאי, סטייפן מסיץ', קרואטי, היה אמור להתמנות ליושב ראש הנשיאות הרוטציונית של יוגוסלביה. סרביה, בסיוע קוסובו, מונטנגרו ווויבודינה, שקולות הנשיאות שלהן היו באותה עת בשליטה סרבית, חסמה את המינוי, שנתפס ברובו כטקסי בלבד.
ב-19 במאי 1991 קיימו הרשויות הקרואטיות משאל עם על עצמאות עם אפשרות להישאר ביוגוסלביה כאיחוד רופף יותר. הרשויות המקומיות הסרביות קראו להחרים את המשאל, קריאה שנענתה ברובה על ידי הסרבים הקרואטים. משאל העם עבר ברוב של 94%.
היחידות הצבאיות הקרואטיות שהוקמו זה עתה קיימו מצעד צבאי ומסדר באצטדיון קרניצ'ביצה (Stadion Kranjčevićeva) בזאגרב ב-28 במאי 1991.
הפרלמנט של קרואטיה הכריז על עצמאות קרואטיה וביטל את התאחדותה עם יוגוסלביה ב-25 ביוני 1991.
ביוני וביולי 1991 התרחש סכסוך מזוין קצר בסלובניה.
באוגוסט 1991, לצבא קרואטיה היו פחות מ-20 חטיבות.
באוגוסט 1991 החל קרב ווקובאר. קרב ווקובאר היה מצור בן 87 ימים על ווקובאר שבמזרח קרואטיה על ידי צבא העם היוגוסלבי (JNA), בתמיכת כוחות פארא-צבאיים שונים מסרביה, בין אוגוסט לנובמבר 1991. לפני מלחמת העצמאות של קרואטיה, העיר הבארוקית הייתה קהילה משגשגת ומעורבת של קרואטים, סרבים וקבוצות אתניות אחרות. כאשר יוגוסלביה החלה להתפרק, נשיא סרביה סלובודן מילושביץ' ונשיא קרואטיה פרניו טוג'מן החלו לנקוט במדיניות לאומנית. בשנת 1990 החל מרד מזוין על ידי מיליציות סרביות-קרואטיות, בתמיכת ממשלת סרביה וקבוצות פארא-צבאיות, שהשתלטו על אזורים מאוכלסים בסרבים בקרואטיה. ה-JNA החל להתערב לטובת המרד, וסכסוך פרץ באזור סלאבוניה שבמזרח קרואטיה במאי 1991. באוגוסט פתח ה-JNA במתקפה רחבת היקף נגד שטח בשליטה קרואטית במזרח סלאבוניה, כולל ווקובאר.
ועדת הבוררות של ועידת השלום על יוגוסלביה, המכונה גם ועדת הבוררות של באדינטר, הוקמה על ידי מועצת השרים של הקהילה הכלכלית האירופית (EEC) ב-27 באוגוסט 1991, כדי לספק לוועידה על יוגוסלביה ייעוץ משפטי.
מהלך זה הגיע לאחר חודשים של קיפאון בעמדות ה-JNA בדלמטיה ובמקומות אחרים, הידוע כיום כקרב הצריפים.
זה גם עלה בקנה אחד עם סיום מבצע חוף-91, שבו נכשל ה-JNA בכיבוש קו החוף בניסיון לנתק את הגישה של דלמטיה לשאר חלקי קרואטיה.
ב-3 באוקטובר חידש הצי היוגוסלבי את המצור שלו על הנמלים הראשיים של קרואטיה.
ב-5 באוקטובר נשא הנשיא טוג'מן נאום שבו קרא לכל האוכלוסייה להתגייס ולהתגונן מפני "האימפריאליזם הסרבי הגדול" שבו נקטו ה-JNA בהובלת סרבים, תצורות פארא-צבאיות סרביות וכוחות מורדים סרבים.
ב-7 באוקטובר תקף חיל האוויר היוגוסלבי את בניין הממשלה הראשי בזאגרב, תקרית המכונה הפצצת באנסקי דבורי.
למחרת, עם פקיעת מורטוריום של שלושה חודשים שהוסכם עליו מראש על יישום הכרזת העצמאות, ניתק הפרלמנט הקרואטי את כל הקשרים הנותרים עם יוגוסלביה. ה-8 באוקטובר נחגג כיום העצמאות בקרואטיה.
ב-15 באוקטובר, לאחר כיבוש צבטט (Cavtat) על ידי ה-JNA, הכריזו סרבים מקומיים בהנהגת אקו אפולוניו על רפובליקת דוברובניק.
הכוחות הקרואטיים רשמו התקדמות נוספת במחצית השנייה של דצמבר, כולל מבצע אורקן 91, שהיה מתקפה צבאית שביצע צבא קרואטיה (Hrvatska vojska – HV) נגד צבא העם היוגוסלבי (Jugoslovenska Narodna Armija – JNA) וכוחות ההגנה הטריטוריאלית של סלאבוניה המערבית (SAO) בעמק נהר הסאווה, באזור סלאבוניה המערבית במהלך מלחמת העצמאות של קרואטיה. המבצע החל ב-29 באוקטובר 1991 והסתיים ב-3 בינואר 1992, כאשר נחתמה הפסקת אש ארצית ליישום תוכנית ואנס. המתקפה נועדה לכבוש מחדש את האזור, בשילוב עם שתי מתקפות אחרות של ה-HV שפתחו נגד סלאבוניה המערבית בצפון האזור בתוך ימים ספורים.
מבצע אטקוס 10 (31 באוקטובר עד 4 בנובמבר) הביא לכך שקרואטיה כבשה מחדש שטח בין הרי בילוגורה ופאפוק.
הצבא הקרואטי החל במתקפת נגד מוצלחת בתחילת נובמבר 1991, מבצע ההתקפה הגדול הראשון שלו במלחמה.
ב-14 בנובמבר, המצור הימי על נמלי דלמטיה אותגר על ידי ספינות אזרחיות. העימות הגיע לשיאו בקרב תעלות דלמטיה, כאשר ארטילריה קרואטית מהחוף ומהאיים פגעה, הטביעה או לכדה מספר כלי שיט של הצי היוגוסלבי, כולל Mukos PČ 176, ששמו שונה מאוחר יותר ל-PB 62 Šolta.
ב-19 בדצמבר, ככל שגברה עוצמת הלחימה, זכתה קרואטיה בהכרה דיפלומטית ראשונה מצד מדינה מערבית - איסלנד - בעוד שהמחוזות האוטונומיים הסרביים בקראינה ובסלאבוניה המערבית הכריזו רשמית על עצמם כרפובליקה של קראינה הסרבית.
ב-21 בדצמבר 1991, לראשונה במלחמה, איסטריה הייתה תחת מתקפה.
ב-26 בדצמבר 1991, הנשיאות הפדרלית הנשלטת על ידי סרבים הודיעה על תוכניות ליוגוסלביה קטנה יותר שעשויה לכלול את השטח שנכבש מקרואטיה במהלך המלחמה.
קרואטיה איבדה שטח רב, אך הרחיבה את הצבא הקרואטי משבע החטיבות שהיו לה בזמן הפסקת האש הראשונה ל-60 חטיבות ו-37 גדודים עצמאיים עד ה-31 בדצמבר 1991.
הפסקת אש חדשה בחסות האו"ם, ה-15 במספר בתוך שישה חודשים בלבד, הוסכמה ב-2 בינואר 1992 ונכנסה לתוקף למחרת.
מה שנקרא הסכם סרייבו הפך להפסקת אש מתמשכת. קרואטיה הוכרה רשמית על ידי הקהילה האירופית ב-15 בינואר 1992.
כוח ההגנה של האו"ם (UNPROFOR) הוקם רשמית על ידי החלטת מועצת הביטחון של האו"ם 743 ב-21 בפברואר 1992.
קרואטיה הפכה לחברה באו"ם ב-22 במאי 1992, דבר שהיה מותנה בתיקון החוקה שלה כדי להגן על זכויות האדם של קבוצות מיעוט ומתנגדים.
מבצע יגואר בגבעת קריז ליד ביבינייה וזאדאר, ב-22 במאי 1992.
סדרה של פעולות צבאיות בעורף דוברובניק: מבצע טיגאר, ב-1–13 ביולי 1992.
בשנת 1992 פרץ הסכסוך הקרואטי-בוסני בבוסניה והרצגובינה, בדיוק כאשר כל צד נלחם בסרבים הבוסנים. המלחמה התנהלה במקור בין מועצת ההגנה הקרואטית וכוחות מתנדבים קרואטים מצד אחד לבין צבא הרפובליקה של בוסניה והרצגובינה (ARBiH) מצד שני, אך עד שנת 1994, לצבא קרואטיה היו מעורבים בלחימה כ-3,000 עד 5,000 חיילים.
הצבא הקרואטי פתח במבצע מסלניצה, מבצע התקפי באזור זאדאר ב-22 בינואר.
ב-18 בפברואר 1993 חתמו הרשויות הקרואטיות על הסכם דארובאר עם מנהיגים סרבים מקומיים במערב סלאבוניה. מטרת ההסכם הסודי הייתה לנרמל את החיים עבור האוכלוסיות המקומיות ליד קו החזית. עם זאת, הרשויות בקנין למדו על כך ועצרו את המנהיגים הסרבים האחראים.
בית הדין הפלילי הבינלאומי ליוגוסלביה לשעבר (ICTY) הוקם על ידי החלטת מועצת הביטחון של האו"ם 827, שהתקבלה ב-25 במאי 1993.
ביוני 1993 החלו סרבים להצביע במשאל עם על איחוד שטח קראינה עם רפובליקה סרפסקה.
מבצע כיס מדאק התרחש בבליטה מדרום לגוספיץ', בין ה-9 ל-17 בספטמבר. המתקפה בוצעה על ידי הצבא הקרואטי כדי לעצור את הארטילריה הסרבית באזור מהפגזת העיר גוספיץ' הסמוכה.
בלחץ ארצות הברית, הסכימו הצדדים הלוחמים על הפסקת אש בסוף פברואר, ולאחריה התקיימה פגישה של נציגים קרואטים, בוסנים וקרואטים-בוסנים עם מזכיר המדינה האמריקאי וורן כריסטופר בוושינגטון די.סי. ב-26 בפברואר 1994.
ב-4 במרץ, פרניו טוג'מן אישר את ההסכם המסדיר את הקמת הפדרציה של בוסניה והרצגובינה וברית בין הצבאות הבוסני והקרואטי נגד הכוחות הסרביים.
ב-21 בנובמבר תקפה נאט"ו את שדה התעופה אודבינה שהיה בשליטת ה-RSK, והשביתה זמנית את מסלולי ההמראה. בעקבות התקיפה באודבינה, המשיכה נאט"ו לבצע תקיפות באזור.
ב-23 בנובמבר, לאחר שמטוס סיור של נאט"ו זוהה על ידי מכ"ם של מערכת טילים קרקע-אוויר (SAM), תקפו מטוסי נאט"ו אתר טילים ליד דבור באמצעות טילי נגד קרינה מסוג AGM-88 HARM.
מה-29 בנובמבר עד ה-24 בדצמבר התקיים מבצע חורף '94 ליד דינארה וליבנו. מבצעים אלו נערכו כדי להסיח את הדעת מהמצור על אזור ביחאץ' ולהתקרב לבירת ה-RSK, קנין, מצפון, ובכך לבודד אותה משלושה צדדים.
בין ה-25 ל-30 ביולי, תקפו כוחות הצבא הקרואטי ומועצת ההגנה הקרואטית (HVO) שטח בשליטה סרבית מצפון להר דינארה, וכבשו את בוסנסקו גראהובו וגלאמוץ' במהלך מבצע קיץ '95.
ב-4 באוגוסט פתחה קרואטיה במבצע סערה, במטרה לכבוש מחדש כמעט את כל השטח הכבוש בקרואטיה, למעט רצועת אדמה קטנה יחסית, הממוקמת לאורך הדנובה, במרחק ניכר מרוב השטח השנוי במחלוקת. המתקפה, שכללה 100,000 חיילים קרואטים, הייתה קרב היבשה הגדול ביותר שנערך באירופה מאז מלחמת העולם השנייה. מבצע סערה השיג את מטרותיו והוכרז כסגור ב-8 באוגוסט.
לחימה נוספת נמנעה ב-12 בנובמבר כאשר הסכם ארדוט נחתם על ידי שר ההגנה בפועל של ה-RSK, מילאן מילאנוביץ', בהוראות שהתקבלו מסלובודן מילושביץ' ומפקידי הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה.
משימת האו"ם החדשה הוקמה כרשות המעבר של האו"ם למזרח סלאבוניה, באראניה וסירמיה המערבית (UNTAES) על ידי החלטת מועצת הביטחון של האו"ם 1037 מ-15 בינואר 1996.
כאשר ה-UNTAES החליפה את משימת ה-UNCRO, חצי האי פרבלקה, שהיה בעבר בשליטת ה-UNCRO, הועבר לשליטת משימת המשקיפים של האו"ם בפרבלקה (UNMOP). ה-UNMOP הוקמה על ידי החלטת מועצת הביטחון של האו"ם 1038 מ-15 בינואר 1996, והסתיימה ב-15 בדצמבר 2002.
תקופת המעבר הוארכה לאחר מכן בשנה. ב-15 בינואר 1998 הסתיים המנדט של ה-UNTAES וקרואטיה השיגה שליטה מלאה על האזור.