חברי חיל המשמר המשווני של כוח ההגנה הסודאני בניהול בריטי התמרדו
ב-18 באוגוסט 1955, חברי חיל המשמר המשווני של כוח ההגנה הסודאני בניהול בריטי התמרדו בטוריט, ובימים שלאחר מכן בג'ובה, יאי ומרידי.

יום חמישי אוג׳ ד, י עד יום שני מרץ ד, י
Southern Sudan
מלחמת האזרחים הסודאנית הראשונה (ידועה גם כמרד אניאניה או אניאניה I, על שם המורדים, מונח בשפת מאדי שפירושו 'ארס נחשים'), הייתה סכסוך בין השנים 1955 ל-1972 בין חלקה הצפוני של סודאן לבין אזור דרום סודאן שדרש ייצוג ואוטונומיה אזורית רבה יותר. חצי מיליון בני אדם נספו במהלך 17 שנות המלחמה, אותן ניתן לחלק לשלושה שלבים: מלחמת גרילה ראשונית, אניאניה, והתנועה לשחרור דרום סודאן.
ב-18 באוגוסט 1955, חברי חיל המשמר המשווני של כוח ההגנה הסודאני בניהול בריטי התמרדו בטוריט, ובימים שלאחר מכן בג'ובה, יאי ומרידי.
הממשלה לא הצליחה לנצל את חולשות המורדים בגלל הפלגנות וחוסר היציבות שלה. הממשלה העצמאית הראשונה של סודאן, בראשות ראש הממשלה איסמעיל אל-אזהרי, הוחלפה במהירות על ידי קואליציה משותקת של כוחות שמרניים שונים, אשר בתורה הופלה בהפיכה של הרמטכ"ל לוטננט גנרל איברהים עבוד בשנת 1958.
הטינה כלפי הממשל הצבאי הובילה לגל של מחאות עממיות שהובילו להקמת ממשלת מעבר באוקטובר 1964.
בשנת 1969, גורדון מואורטאת מאיין נבחר פה אחד למנהיג החדש של הדרום. דרום סודאן שינתה בתקופה זו את שמה לרפובליקת הנילוס וחידשה את הלחימה נגד חרטום, אולם חלק מחייליו של המנהיג לשעבר ג'אדן לא קיבלו מנהיג מהקבוצה האתנית דינקה ונלחמו נגד האניאניה.
הדרום הונהג בתחילה על ידי המנהיג המנוח אגרי ג'אדן; הוא עזב את התנועה בשנת 1969 בשל סכסוכים פוליטיים פנימיים.
לאחר הפיכה צבאית שנייה ב-25 במאי 1969, הפך קולונל ג'עפר נומיירי לראש הממשלה והוציא מיד מחוץ לחוק את המפלגות הפוליטיות.
בשנת 1971, סגן הצבא לשעבר ג'וזף לאגו ביצע הפיכה מוצלחת נגד גורדון מואורטאת בעזרת ישראל, שהבטיחה לו את תמיכתה. לאחר מכן הוא איחד את כל כנופיות הגרילה תחת התנועה לשחרור דרום סודאן (SSLM).
סכסוכים פנימיים בין פלגים מרקסיסטיים ללא-מרקסיסטיים במעמד הצבאי השליט הובילו להפיכה נוספת ביולי 1971 ולממשל קצר ימים של המפלגה הקומוניסטית הסודאנית, לפני שפלגים אנטי-קומוניסטיים החזירו את נומיירי לשליטה במדינה.
גישור בין מועצת הכנסיות העולמית (WCC) לבין ועידת הכנסיות של כל אפריקה (AACC), ששתיהן השקיעו שנים בבניית אמון עם שני הצדדים הלוחמים, הוביל בסופו של דבר להסכם אדיס אבבה במרץ 1972 שסיים את הסכסוך.