טוטי התכוון לפרוש מכדורגל בינלאומי לאחר מונדיאל 2006, אך חזר בו מהחלטתו ונשאר לא החלטי לגבי עתידו במשך למעלה משנה, מבלי שזומן בינתיים. הוא הפך את פרישתו לרשמית ב-20 ביולי 2007, בתחילת עונת 2007–08 בסרייה א', בשל בעיות פיזיות חוזרות ונשנות וכדי להתמקד אך ורק במשחק במועדון עם רומא.
