הוא הגיש בקשה להצטרף לצי ארצות הברית. כקווייקר מלידה, הוא יכול היה לתבוע פטור מגיוס; הוא גם יכול היה לקבל דחייה מכיוון שעבד בשירות הממשלתי. אך במקום לנצל את נסיבותיו, ניקסון ביקש דרגת קצונה בצי. בקשתו התקבלה, והוא מונה לסגן משנה במילואים של הצי האמריקאי ב-15 ביוני 1942.
