अमेरिकी गृहयुद्ध छिड़ गया
जब अमेरिकी गृहयुद्ध छिड़ा, तो ब्लैकवेल बहनों ने नर्सिंग प्रयासों में सहायता की। ब्लैकवेल ने अपनी उन्मूलनवादी जड़ों के कारण उत्तर (नॉर्थ) के प्रति गहरी सहानुभूति रखी, और यहाँ तक कहा कि यदि उत्तर ने गुलामी के विषय पर समझौता किया होता तो वह देश छोड़ देतीं। हालाँकि, ब्लैकवेल को पुरुष-प्रधान यूनाइटेड स्टेट्स सैनिटरी कमीशन (USSC) की ओर से कुछ प्रतिरोध का सामना करना पड़ा। पुरुष चिकित्सकों ने नर्स शिक्षा योजना में मदद करने से इनकार कर दिया यदि इसमें ब्लैकवेल शामिल थीं। USSC के जवाब में, ब्लैकवेल ने 'वुमन सेंट्रल रिलीफ एसोसिएशन' (WCRA) के साथ मिलकर काम किया। WCRA ने असंगठित परोपकार की समस्या के खिलाफ काम किया, लेकिन अंततः इसे USSC में मिला लिया गया। फिर भी, न्यूयॉर्क इन्फर्मरी ने यूनियन के प्रयासों के लिए नर्सों को प्रशिक्षित करने के लिए डोरोथिया डिक्स के साथ काम करने में कामयाबी हासिल की।