फ्रेडरिक II पवित्र रोमन सम्राट
पोप इनोसेंट III, जो साम्राज्य और सिसिली के मिलन से उत्पन्न खतरे से डरते थे, अब फ्रेडरिक II द्वारा समर्थित थे, जो जर्मनी की ओर बढ़े और ओटो को हराया। अपनी जीत के बाद, फ्रेडरिक ने दोनों राज्यों को अलग रखने के अपने वादे पर अमल नहीं किया। हालांकि उन्होंने जर्मनी की ओर बढ़ने से पहले अपने बेटे हेनरी को सिसिली का राजा बना दिया था, फिर भी उन्होंने वास्तविक राजनीतिक शक्ति अपने लिए सुरक्षित रखी। 1220 में फ्रेडरिक को सम्राट का ताज पहनाए जाने के बाद भी यह जारी रहा। फ्रेडरिक की शक्ति के केंद्रीकरण से डरकर, पोप ने अंततः सम्राट को बहिष्कृत कर दिया। विवाद का एक और बिंदु धर्मयुद्ध था, जिसका फ्रेडरिक ने वादा किया था लेकिन बार-बार स्थगित कर दिया था।
