पहली बार पुष्टि की गई कि अल-जवाहिरी पाकिस्तान सरकार के खिलाफ आतंकवादी कदम उठा रहा था

जुलाई 2007 में, अल-जवाहिरी ने लाल मस्जिद घेराबंदी, जिसका कोडनेम 'ऑपरेशन साइलेंस' था, के लिए निर्देश दिए। यह पहली बार पुष्टि की गई थी कि अल-जवाहिरी पाकिस्तान सरकार के खिलाफ आतंकवादी कदम उठा रहा था और पाकिस्तान राज्य के खिलाफ इस्लामी आतंकवादियों का मार्गदर्शन कर रहा था। इस्लामाबाद में लाल मस्जिद पर नियंत्रण करने वाले पाकिस्तानी सेना के जवानों और स्पेशल सर्विस ग्रुप को अल-जवाहिरी के पत्र मिले, जिसमें वह इस्लामी आतंकवादियों अब्दुल रशीद गाजी और अब्दुल अजीज गाजी को निर्देश दे रहा था, जो मस्जिद और उससे सटे मदरसे को चलाते थे। इस संघर्ष में 100 लोगों की मौत हुई।

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