बाख लगभग चार महीने तक अनुपस्थित रहे

मजबूत पारिवारिक संबंधों और संगीत के प्रति उत्साही नियोक्ता के बावजूद, पद पर कई वर्षों के बाद बाख और अधिकारियों के बीच तनाव बढ़ गया। बाख गाना बजानेवालों (क्वायर) के गायकों के स्तर से असंतुष्ट थे। उन्होंने उनमें से एक को "ज़िपेल फैगोटिस्ट" (तुच्छ बासून वादक) कहा। एक देर शाम, गेयर्सबैक नाम का यह छात्र एक छड़ी लेकर बाख के पीछे पड़ गया। बाख ने अधिकारियों के पास गेयर्सबैक के खिलाफ शिकायत दर्ज कराई। उन्होंने गेयर्सबैक को मामूली फटकार के साथ बरी कर दिया और बाख को आदेश दिया कि वे अपने छात्रों से अपेक्षित संगीत गुणों के बारे में अधिक उदार रहें। कुछ महीनों बाद बाख ने अर्नस्टाड से लंबी अनुपस्थिति के कारण अपने नियोक्ता को नाराज कर दिया: चार सप्ताह की छुट्टी लेने के बाद, वे 1705-1706 में उत्तरी शहर ल्यूबेक में ऑर्गनिस्ट और संगीतकार डायटरिच बक्सटेहुड से मिलने के लिए लगभग चार महीने तक अनुपस्थित रहे। बक्सटेहुड की यात्रा में हर तरफ 450 किलोमीटर (280 मील) की यात्रा शामिल थी, जिसे कथित तौर पर पैदल तय किया गया था।

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