हमलों के बाद, संयुक्त राज्य अमेरिका द्वारा सैन्य प्रतिशोध की संभावना के कारण हजारों लोग अफगानिस्तान से भागने का प्रयास कर रहे थे। पाकिस्तान, जो पहले से ही पिछले संघर्षों के कई अफगान शरणार्थियों का घर था, ने 17 सितंबर, 2001 को अफगानिस्तान के साथ अपनी सीमा बंद कर दी।