Bach absen selama sekitar empat bulan
Meskipun memiliki hubungan keluarga yang kuat dan pemberi kerja yang antusias terhadap musik, ketegangan muncul antara Bach dan pihak berwenang setelah beberapa tahun menjabat. Bach tidak puas dengan standar penyanyi di paduan suara. Ia menyebut salah satu dari mereka sebagai "Zippel Fagottist" (pemain fagot kacangan). Suatu malam, siswa bernama Geyersbach ini mengejar Bach dengan tongkat. Bach mengajukan keluhan terhadap Geyersbach kepada pihak berwenang. Mereka membebaskan Geyersbach dengan teguran ringan dan memerintahkan Bach untuk lebih moderat mengenai kualitas musik yang ia harapkan dari murid-muridnya. Beberapa bulan kemudian, Bach membuat pemberi kerjanya kesal karena absen lama dari Arnstadt: setelah mendapatkan izin selama empat minggu, ia absen selama sekitar empat bulan pada tahun 1705–1706 untuk mengunjungi organis dan komponis Dieterich Buxtehude di kota utara Lübeck. Kunjungan ke Buxtehude melibatkan perjalanan sejauh 450 kilometer (280 mil) sekali jalan, yang dilaporkan ditempuh dengan berjalan kaki.
