Pada 17 Desember, pemberontakan telah ditahan dan dipatahkan. Sekitar 40 pemberontak tewas dan 3.400 ditangkap. Sisanya melarikan diri dan dianggap mencoba mencapai Indonesia. Dari para pemimpinnya, Azahari berada di Filipina dan Yassin Affendi bersama para buronan.
