Kemudian pada tahun itu, pada tanggal 20 November 1965, karena menderita disentri dan asma akut, serta putus asa setelah tujuh bulan mengalami kekalahan, Guevara meninggalkan Kongo bersama enam orang Kuba yang selamat dari kolom pasukannya yang berjumlah 12 orang.
