L'allenatore del club di Eredivisie Heerenveen

Il 13 febbraio 2012 è stato annunciato che Van Basten sarebbe diventato l'allenatore del club di Eredivisie Heerenveen nella stagione 2012–13. Van Basten ha guidato l'Heerenveen all'ottavo posto nella stagione 2012–13. Ha poi guidato la squadra al quinto posto nella stagione successiva, la 2013–14. Ha concluso il suo mandato con un record di 27 vittorie, 18 pareggi e 27 sconfitte in 72 partite.

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