O'Neal è stato votato Most Valuable Player della stagione regolare 1999–2000

O'Neal è stato anche votato Most Valuable Player della stagione regolare 1999–2000, a un solo voto dal diventare il primo MVP unanime nella storia dell'NBA. Fred Hickman, allora alla CNN, scelse invece Allen Iverson, allora dei Philadelphia 76ers, che avrebbe poi vinto l'MVP la stagione successiva. O'Neal ha anche vinto il titolo di miglior marcatore, finendo secondo nei rimbalzi e terzo nelle stoppate. L'influenza di Jackson ha portato a un rinnovato impegno di O'Neal nella difesa, culminato nella sua prima selezione nell'All-Defensive Team (secondo quintetto) nel 2000.

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