事後、ボリバルは派閥争いに追い詰められ、孤立した環境の中で統治を続けた。その後2年間で、ヌエバ・グラナダ、ベネズエラ、エクアドルで蜂起が発生した。分離主義者たちは、彼が共和主義の原則を裏切り、恒久的な独裁体制を確立しようとしていると非難した。ラ・マール将軍が大統領としてグアヤキルに侵攻した際、大コロンビアはペルーに対して宣戦布告した。その後、1829年2月27日のポルテテ・デ・タルキの戦いで、アントニオ・ホセ・デ・スクレ元帥によってペルー軍は敗北した。スクレは1830年6月4日に暗殺された。フアン・ホセ・フローレス将軍は、エクアドル地区として知られる南部諸州（キト、グアヤキル、アスアイ）を大コロンビアから分離させ、独立国を形成してその初代大統領になることを望んだ。1830年1月13日、ベネズエラの独立が宣言され、ホセ・アントニオ・パエスが同国の大統領職を維持し、ボリバルを追放した。
1830年1月20日、自身の夢が崩れ去る中、ボリバルは国民に向けた最後の演説を行い、大コロンビアの大統領職を辞任することを発表した。失意のボリバルは演説の中で、国民に対し、連邦を維持すること、そして分離を主張する者たちの意図を警戒するように強く訴えた。
事後、ボリバルは派閥争いに追い詰められ、孤立した環境の中で統治を続けた。その後2年間で、ヌエバ・グラナダ、ベネズエラ、エクアドルで蜂起が発生した。分離主義者たちは、彼が共和主義の原則を裏切り、恒久的な独裁体制を確立しようとしていると非難した。ラ・マール将軍が大統領としてグアヤキルに侵攻した際、大コロンビアはペルーに対して宣戦布告した。その後、1829年2月27日のポルテテ・デ・タルキの戦いで、アントニオ・ホセ・デ・スクレ元帥によってペルー軍は敗北した。スクレは1830年6月4日に暗殺された。フアン・ホセ・フローレス将軍は、エクアドル地区として知られる南部諸州（キト、グアヤキル、アスアイ）を大コロンビアから分離させ、独立国を形成してその初代大統領になることを望んだ。1830年1月13日、ベネズエラの独立が宣言され、ホセ・アントニオ・パエスが同国の大統領職を維持し、ボリバルを追放した。
1830年1月20日、自身の夢が崩れ去る中、ボリバルは国民に向けた最後の演説を行い、大コロンビアの大統領職を辞任することを発表した。失意のボリバルは演説の中で、国民に対し、連邦を維持すること、そして分離を主張する者たちの意図を警戒するように強く訴えた。
