2007年7月、アル・ザワヒリは「オペレーション・サイレンス（沈黙作戦）」というコードネームで知られるラル・マスジド（赤いモスク）包囲戦の指揮を執った。これは、アル・ザワヒリがパキスタン政府に対して過激な行動をとり、パキスタン国家に対してイスラム過激派を指導したことが確認された最初の事例である。イスラマバードのラル・マスジドを制圧したパキスタン軍と特殊部隊は、モスクと隣接するマドラサを運営していたイスラム過激派のアブドゥル・ラシード・ガジとアブドゥル・アジズ・ガジに対し、アル・ザワヒリが指示を出していた手紙を発見した。この衝突により100人が死亡した。
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