1941年後半、ヒトラーはハイドリヒを新設されたベーメン・メーレン保護領の副保護領主に任命した。ハイドリヒはチェコ人の人種分類を開始し、多くを強制収容所に送った。拡大する抵抗運動のメンバーは銃殺され、ハイドリヒは「プラハの屠殺者」という異名をとった。この任命によりヒムラーとハイドリヒの協力関係は強化され、ヒムラーは国家に対するSSの支配権を誇りに思っていた。ヒトラーへの直接のアクセス権を持っていたにもかかわらず、ハイドリヒのヒムラーに対する忠誠心は揺るぎないものだった。
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