皇帝としての主張にもかかわらず、フリードリヒの統治は帝国における中央集権的な支配が崩壊に向かう大きな転換点となった。彼はシチリアに近代的で中央集権的な国家を確立することに集中していたため、ドイツを留守にすることが多く、ドイツの世俗諸侯や聖界諸侯に対して広範な特権を与えた。1220年の「聖界諸侯との協約（Confoederatio cum principibus ecclesiasticis）」において、フリードリヒは関税、貨幣鋳造、要塞化など、多くのレガリア（王権）を司教たちに譲渡した。
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