Bach esteve ausente por cerca de quatro meses
Apesar das fortes conexões familiares e de um empregador musicalmente entusiasmado, a tensão aumentou entre Bach e as autoridades após vários anos no cargo. Bach estava insatisfeito com o nível dos cantores no coro. Ele chamou um deles de "Zippel Fagottist" (tocador de fagote medíocre). Tarde da noite, esse estudante, chamado Geyersbach, perseguiu Bach com um bastão. Bach apresentou uma queixa contra Geyersbach às autoridades. Eles absolveram Geyersbach com uma pequena repreensão e ordenaram que Bach fosse mais moderado em relação às qualidades musicais que esperava de seus alunos. Alguns meses depois, Bach irritou seu empregador com uma ausência prolongada de Arnstadt: após obter licença por quatro semanas, ele esteve ausente por cerca de quatro meses em 1705–1706 para visitar o organista e compositor Dieterich Buxtehude na cidade de Lübeck, ao norte. A visita a Buxtehude envolveu uma jornada de 450 quilômetros (280 milhas) em cada sentido, supostamente a pé.