Em 17 de dezembro, a rebelião havia sido contida e derrotada. Cerca de 40 rebeldes estavam mortos e 3.400 capturados. Os restantes fugiram e supunha-se que estivessem tentando chegar à Indonésia. Dos líderes, Azahari estava nas Filipinas e Yassin Affendi estava com os fugitivos.
