O'Neal foi eleito o Jogador Mais Valioso da temporada regular de 1999–2000

O'Neal também foi eleito o Jogador Mais Valioso da temporada regular de 1999–2000, a um voto de se tornar o primeiro MVP unânime na história da NBA. Fred Hickman, então da CNN, escolheu Allen Iverson, então do Philadelphia 76ers, que ganharia o MVP na temporada seguinte. O'Neal também ganhou o título de cestinha, terminando em segundo lugar em rebotes e terceiro em tocos. A influência de Jackson resultou em um novo compromisso de O'Neal com a defesa, resultando em sua primeira seleção para o All-Defensive Team (segundo time) em 2000.

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