Bach a lipsit timp de aproximativ patru luni
În ciuda legăturilor familiale puternice și a unui angajator entuziast din punct de vedere muzical, tensiunea a crescut între Bach și autorități după câțiva ani în post. Bach era nemulțumit de nivelul cântăreților din cor. A numit unul dintre ei un „Zippel Fagottist” (fagotist de doi bani). Într-o seară târziu, acest student, pe nume Geyersbach, l-a urmărit pe Bach cu un băț. Bach a depus o plângere împotriva lui Geyersbach la autorități. Aceștia l-au achitat pe Geyersbach cu o mustrare minoră și i-au ordonat lui Bach să fie mai moderat în ceea ce privește calitățile muzicale pe care le aștepta de la studenții săi. Câteva luni mai târziu, Bach și-a supărat angajatorul printr-o absență prelungită din Arnstadt: după ce a obținut concediu pentru patru săptămâni, a lipsit timp de aproximativ patru luni în 1705–1706 pentru a-l vizita pe organistul și compozitorul Dieterich Buxtehude în orașul nordic Lübeck. Vizita la Buxtehude a implicat o călătorie de 450 de kilometri (280 mile) pe sens, se pare că pe jos.