Până pe 17 decembrie, rebeliunea a fost oprită și înfrântă. Aproximativ 40 de rebeli au fost uciși și 3.400 capturați. Restul au fugit și se presupunea că încearcă să ajungă în Indonezia. Dintre lideri, Azahari se afla în Filipine, iar Yassin Affendi era cu fugarii.
