Бах отсутствовал около четырех месяцев
Несмотря на прочные семейные связи и музыкально увлеченного работодателя, через несколько лет после вступления в должность между Бахом и властями возникло напряжение. Бах был недоволен уровнем певцов в хоре. Он назвал одного из них «Zippel Fagottist» (фаготист-недоучка). Поздно вечером этот студент по имени Гейерсбах погнался за Бахом с палкой. Бах подал жалобу на Гейерсбаха властям. Они оправдали Гейерсбаха, вынеся ему лишь незначительный выговор, и приказали Баху быть более умеренным в своих требованиях к музыкальным качествам студентов. Несколько месяцев спустя Бах расстроил своего работодателя длительным отсутствием в Арнштадте: получив отпуск на четыре недели, он отсутствовал около четырех месяцев в 1705–1706 годах, чтобы посетить органиста и композитора Дитриха Букстехуде в северном городе Любек. Поездка к Букстехуде включала путь в 450 километров (280 миль) в каждую сторону, как сообщается, пешком.