12 октября 2000 года взрыв эсминца «Коул» побудил нескольких членов организации уйти. Мохаммед Атеф бежал из Кандагара, аз-Завахири — в Кабул, а бен Ладен бежал в Кабул, позже присоединившись к Атефу, когда понял, что ответных ударов со стороны США не последует.
