Venezuela bağımsız ilan edildi
Olayların ardından Bolivar, hizipsel anlaşmazlıklarla köşeye sıkışmış, seyrelmiş bir ortamda yönetmeye devam etti. Takip eden iki yıl içinde Yeni Granada, Venezuela ve Ekvador'da ayaklanmalar meydana geldi. Ayrılıkçılar onu cumhuriyetçi ilkelere ihanet etmekle ve kalıcı bir diktatörlük kurmak istemekle suçladılar. Büyük Kolombiya, başkan General La Mar'ın Guayaquil'i işgal etmesi üzerine Peru'ya savaş ilan etti. La Mar, daha sonra 27 Şubat 1829'daki Portete de Tarqui Muharebesi'nde Mareşal Antonio José de Sucre tarafından mağlup edildi. Sucre, 4 Haziran 1830'da öldürüldü. General Juan José Flores, Ekvador Bölgesi olarak bilinen güney departmanlarını (Quito, Guayaquil ve Azuay) bağımsız bir ülke kurmak ve ilk başkanı olmak için Büyük Kolombiya'dan ayırmak istedi. Venezuela 13 Ocak 1830'da bağımsızlığını ilan etti ve José Antonio Páez, Bolivar'ı sürgüne göndererek o ülkenin başkanlığını üstlendi.