1924'te Kossel, Tıp Kliniği laboratuvarının bir parçası olan Heidelberg'deki Protein Araştırmaları Enstitüsü'nde direktör oldu. Bir üreticinin bağışı sayesinde kurulmasına yardımcı olmuştu. Araştırmaları, protein molekülünün polipeptit doğasının keşfedileceğini öngörüyordu.