17 Aralık itibarıyla isyan durdurulmuş ve kırılmıştı. Yaklaşık 40 isyancı ölmüş ve 3.400'ü esir alınmıştı. Geri kalanlar kaçmıştı ve Endonezya'ya ulaşmaya çalıştıkları varsayılıyordu. Liderlerden Azahari Filipinler'deydi ve Yassin Affendi kaçaklarla birlikteydi.