29 Nisan 2007'de Chelsea, resmi web sitesinde Ballack'ın Münih'te ayak bileğinden ameliyat olduğunu duyuran bir açıklama yayınladı. Sonuç olarak Ballack, Chelsea'nin Didier Drogba'nın uzatma dakikalarındaki golüyle 1-0 kazandığı FA Cup finalinde forma giyemedi.
