Saldırıların ardından, Amerika Birleşik Devletleri'nin askeri misilleme olasılığı nedeniyle on binlerce insan Afganistan'dan kaçmaya çalıştı. Önceki çatışmalardan dolayı zaten birçok Afgan mülteciye ev sahipliği yapan Pakistan, 17 Eylül 2001'de Afganistan ile olan sınırını kapattı.
