Du Bois'un önde gelen komünistlerle olan ilişkisi, özellikle FBI'ın komünist sempatizanları agresif bir şekilde soruşturmaya başlamasıyla onu NAACP için bir yük haline getirdi; bu yüzden, karşılıklı anlaşmayla, 1948'in sonlarında ikinci kez NAACP'den istifa etti.
