Bu süre zarfında Doğu Timor'da birlik ve barış için sürekli kampanya yürüttü ve genel olarak yeni ortaya çıkan ulusun fiili lideri olarak kabul edildi. 2001'in sonlarında seçimler yapıldı ve Gusmão, Fretilin tarafından değil, dokuz parti tarafından desteklendi.
