12 жовтня 2000 року вибух на есмінці USS Cole спонукав кількох членів організації піти. Мохаммед Атеф втік із Кандагара, аз-Завахірі — до Кабула, а бен Ладен також втік до Кабула, пізніше приєднавшись до Атефа, коли зрозумів, що американських ударів у відповідь не буде.
