Після терактів десятки тисяч людей намагалися втекти з Афганістану через можливість військової відплати з боку Сполучених Штатів. Пакистан, де вже проживало багато афганських біженців від попередніх конфліктів, закрив свій кордон з Афганістаном 17 вересня 2001 року.