1941年秋，纳粹开始将犹太人从隔离区运走。他们中的大多数被送往贝尔赛克（Bełżec）灭绝营并被杀害。1943年3月13日，隔离区被清算，那些仍有劳动能力的人被送往新的普拉绍夫（Płaszów）集中营。数千名被认为没有劳动能力的人被送往灭绝营杀害；在纳粹清理隔离区时，还有数百人在街头被杀害。辛德勒因其国防军人脉得知了这些计划，他让工人们留在工厂过夜，以防止他们受到伤害。辛德勒目睹了隔离区的清算过程，感到震惊。据“辛德勒犹太人”（Schindlerjude）索尔·乌尔巴赫（Sol Urbach）说，从那时起，辛德勒“改变了对纳粹的看法。他决定退出，并尽可能多地拯救犹太人。”
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